BioPerl:提取CDS错误

Question

我试图从GenBank文件中提取CDS和相应的氨基酸序列，使用BioPerl。脚本如下所示：

while (my $seq_object = $in->next_seq){
for my $feat_object ($seq_object->get_SeqFeatures) {
    if ($feat_object ->primary_tag eq "CDS") {
    #   warn("all tags are ", join ("," , $feat_object->get_all_tags),"\n");        
        if ($feat_object->has_tag ("protein_id")){
            my ($protein_id) = $feat_object->get_tag_values('protein_id');
            my ($pseq) = $feat_object->get_tag_values('translation') ;
            my ($pepseq) = Bio::Seq->new(-id => $protein_id , -description => $seq_object -> accession_number,
                -seq => $pseq);
            $out->write_seq($pepseq);   
        }
    }
}

}

我收到的错误消息是:文件句柄GEN1仅在/Library/Perl/5.12/Bio/Root/IO.pm第533行第148行打开供输入。

请帮我解决这个问题。

提前感谢

Answer 1

我将添加这个作为一个答案，因为它很可能是错误的来源。在为输出创建Bio::SeqIO对象时，必须遵循open的常规Perl规则，并指定用于输出的文件。因此，请尝试以下几点：

my $out = Bio::SeqIO->new( -file => ">Oct_test.fasta", -format => 'fasta');

这是一件很容易忘记的事情，错误信息可能会更具有描述性。