我如何安装最新的BioPerl版本时使用perlbrew？

Question

我正在使用perlbrew，我想安装最新的bioperl版本。我应该使用cpanm还是git？

如果git -我只是像往常一样安装(AKA git clone ...然后制作和构建)，还是我应该做什么特别的？

更新

具体来说，我不确定我是否理解使用Git手册的BioPerl的以下专家

告诉perl在哪里可以找到BioPerl (假设您在$HOME/src中签出了代码；在您的.bash_profile、.profile或.cshrc中设置此代码)： bash：$ PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$ PERL5LIB“tcsh：$ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB”

为什么这是必要的？

更新2

简单地导出bioperl克隆的dir并不会影响所有的bp_***.pl脚本(这些脚本通常在正常的Build安装之后在/usr/bin/下找到)。

在使用perlbrerw切换到正确的perl版本之后，我还尝试从克隆的dir构建，但是它运行cpan来安装一些似乎与perlbrew (相对于cpanm)不太好的依赖项。

所以我的问题仍然是..。

谢谢!

Answer 1

最新的BioPerl总是在GitHub上，所以git就是你的答案。至于你是否想要“流血的边缘”则是另一回事了，但在关注BioPerl邮件列表一段时间后，我觉得如果你对BioPerl有任何问题的话，开发人员更有可能说"从GitHub安装“，特别是因为最新版本的CPAN是从2009年开始的。自那时以来，已经有了许多发展。

至于安装它，我不明白为什么您不能在使用git clone ... perl之后继续执行标准的perlbrew make/build do，因为这就是perlbrew的意义所在。:-)

更新问题更新：是关于设置PERL5LIB的模糊信息，因为在您通过git克隆它之后，大概不需要构建BioPerl；它已经准备好直接使用了。假设您没有将它克隆到@LIB中的一个目录中，那么您需要告诉Perl在哪里可以找到它。无论是否使用perlbrew，您都必须这样做。

实质上，这个过程是这样的：

1. 从BioPerl中克隆GitHub。
2. 确保您使用的是perlbrew-installed Perl。
3. 按照PERL5LIB指令设置BioPerl环境变量。
4. 运行perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;'以确保您正在使用刚刚签出的BioPerl。

看看源码，我认为#4应该打印出1.006900 (或者说1.6.9，我永远不能保持Perl版本号正确)。