无法找到Bioperl Seqio perl模块

Question

我试图从我的Mac中在终端上运行这个命令，我从协议中复制了这个命令：

FEELnc_codpot.pl –i <unannotated_transcript.fa> -a <mRNA_sequence.fa> -g <reference_genome.fa> -m ’shuffle’ –o <unannotated_transcript>

但是，我收到一个错误，无法找到命令，这可能是因为我没有使用perl，因此我输入了以下命令：

perl FEELnc_codpot.pl 

这给了我以下错误：

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2 /opt/anaconda3/lib/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/5.26.2 .) at FEELnc_codpot.pl line 14.

因此，我从我下载的seqio.pm目录中复制了bioperl，并将其放在/opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level目录中。但是，这并不能解决错误。当我试图运行这个命令时：

perl seqio.pm

我收到这样的信息：

Can't locate Bio/Factory/FTLocationFactory.pm in @INC (you may need to install the Bio::Factory::FTLocationFactory module) (@INC contains: /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2 /opt/anaconda3/lib/5.26.2/darwin-thread-multi-2level /opt/anaconda3/lib/5.26.2 .) at seqio.pm line 339. BEGIN failed--compilation aborted at seqio.pm line 339.

所以我把FTLocationFactory.pm复制到了/opt/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level中。

同样，这没有解决错误。但是给出了我也需要Simple.pm在@INC中的信息。将其复制到正确的目录(darwin-thread-multi-2level)中。

然而，这仍然是不够的。

有人知道如何让这个perl脚本工作并解决这个错误吗？

编辑

Test Summary Report
-------------------
t/00-compile.t                    (Wstat: 7168 Tests: 511 Failed: 28)
  Failed tests:  51, 64, 69, 81, 158, 170, 179-184, 331
                337-342, 358, 365, 375, 430, 467, 470, 482
                494, 507
  Non-zero exit status: 28
t/Root/RootIO.t                   (Wstat: 512 Tests: 1 Failed: 0)
  Non-zero exit status: 2
  Parse errors: Bad plan.  You planned 3 tests but ran 1.
Files=211, Tests=13892, 138 wallclock secs ( 2.50 usr  0.72 sys + 100.25 cusr 18.37 csys = 121.84 CPU)
Result: FAIL
Failed 2/211 test programs. 28/13892 subtests failed.
make: *** [test_dynamic] Error 255
  CJFIELDS/BioPerl-1.7.8.tar.gz
9 dependencies missing (Graph::Directed,LWP::UserAgent,List::MoreUtils,Test::Memory::Cycle,XML::DOM,XML::LibXML,XML::LibXML::Reader,XML::Parser::PerlSAX,XML::Twig); additionally test harness failed
  /usr/bin/make test -- NOT OK
//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
  reports CJFIELDS/BioPerl-1.7.8.tar.gz**

整个输出有几页长，所以现在我只是插入了摘要输出。

Answer 1

尝试通过在文件系统周围复制模块来解决这些错误并不是一个好主意。您需要正确地将它们安装到Perl模块库中。

您提到的这两个模块都是BioPerl发行版的一部分，因此很可能可以通过安装这些模块来解决问题。

$ sudo cpan BioPerl

有关更多详细信息，请参阅cpan。