将标记添加到bioperl DB::SAM/BAM

Question

我有一个bam文件，并使用bioperl (Bio::DB::Sam)来处理它。现在我想问一下，是否有可能在此文件的路线中添加标记？

我使用

    my $iterator     = $bam->features(-iterator => 1,
                                      -flags    => {M_UNMAPPED=>0});

    while (my $align = $iterator->next_seq) { 
        ...
    }

循环遍历对齐的读取。现在我在搜索任何类似的东西

    $align->addTag(key=>value)

再见

Answer 1

BedTools提供了一种名为TagBam的注释方法

http://biostar.stackexchange.com/questions/9552/basic-bam-file-annotation

https://github.com/arq5x/bedtools

Answer 2

简而言之，不是。

可以对原始SAM执行此操作，然后将其转换回BAM。我最近正在为C++编写一个BAM，我自己也遇到了这个问题。问题是代表这些信息的底层c结构都是紧密的字节压缩的，并且占用了特定数量的内存。有时他们可能会比他们需要的多一点，但其他时候他们正好有合适的数量。在大多数情况下，添加到这些结构中会超出它们的可用内存。

因此，如果我是您，我会写出一个新的SAM文件，其中包含您的附加标签，并使用samtools将其转换为BAM