使用自定义库路径安装BioPerl

Question

我试着在我的PC上安装一个新版本的BioPerl，没有根，并得到错误与太旧的版本所需的模块。所以我把它们安装到一个自定义目录中。

是否有可能在安装的--install_base旁边设置一个库参数？自述和安装说明只为使用cpan的安装提供它，这对我来说是没有选择的。

谢谢

我的尝试：

my $dir=catdir('home','user','my','bioperl');
my $lib=catdir('home','user','my','lib');
push @INC , $lib;
$lib=$lib.':'.$_ for @INC;

1.

system("cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

2.

system("export EXPATLIBPATH=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

3.

system("export PERL5LIB=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

Answer 1

没有根访问是一个常见的问题，这就是为什么会有perlbrew。

\curl -L http://install.perlbrew.pl | bash

然后，只需安装cpanminus以便与perlbrew：Installing to local perl (perlbrew)一起使用。

curl -L http://cpanmin.us | perl - App::cpanminus

这将使您能够有一个安装所有模块(包括Bio::Perl )的稳定环境。只需执行以下操作或同时读取How do I install the latest BioPerl version when using perlbrew?

cpanm Bio::Perl