在Wampserver中运行BioPerl脚本

Question

我正在使用windows上的wampserver创建一个页面，并在本地工作。我想访问数据库集成以获得一些有用的信息，比如基因的序列，我遇到了以下问题：

我已经安装了ActivePerl和API所需的API，我的bioperl脚本从命令提示符中完美地运行。

作为wampserver的fas，我在Apache中修改了httpd.conf以运行perl脚本。我可以通过wamp执行一个简单的perl脚本(例如hello world)。(我将id存储在www和go localhost/hello.pl上)

当我想在wampserver中运行脚本以获得序列(当然更复杂)时，我会得到以下错误：

install_driver(mysql)失败:无法在@INC中找到DBD/mysql.pm (@INC包含: C:/wamp/bin/Perl/lib C:/wamp/bin/Perl/site/lib )。C:/src/ensembl/ module )在第3行。也许DBD::mysql perl模块还没有完全安装，或者'mysql‘的大写不正确。可用驱动程序: DBM，ExampleP，File，Gofer，Proxy，Sponge。在C:/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm 1594线

在命令提示符窗口中，脚本将运行。我如何管理它以在wampserver中运行它？

谢谢你提前提供帮助

Answer 1

@INC数组包含Perl查找模块所需的所有路径。目前，WAMP Perl会查看以下几个地方：

C:/wamp/bin/Perl/lib
C:/wamp/bin/Perl/site/lib
.
C:/src/ensembl/modules

这些目录中没有一个包含子目录DBD，而该子目录又包含mysql.pm。(请用文件管理器验证这一点)

您似乎已经在ActivePerl中安装了这个模块。尝试打印出该perl的@INC。如果ActivePerl @INC包含未包含在WAMP perl @INC中的路径(请参见上文)，则应修复此路径以使用ActivePerl模块。例如。

use lib 'C:/foo/bar/lib';

在你use DBD::mysql之前。它可能会解决问题。