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无法安装Bioperl模块(正确吗?)
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Stack Overflow用户
提问于 2014-04-28 09:44:20
回答 1查看 2.1K关注 0票数 2

我无法通过cpanm安装BioPerl模块。使用

代码语言:javascript
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sudo cpanm Bio::SeqIO

产出显示:

代码语言:javascript
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--> Working on Bio::SeqIO
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.922.tar.gz ... OK
Configuring BioPerl-1.006922 ... OK
Building and testing BioPerl-1.006922 ... FAIL
! Installing Bio::SeqIO failed. See /home/administrator/.cpanm/work/1398677477.16274/build.log for details. Retry with --force to force install it.

当添加-强制时,它写着:

代码语言:javascript
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--> Working on Bio::SeqIO
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.922.tar.gz ... OK
Configuring BioPerl-1.006922 ... OK
Building and testing BioPerl-1.006922 ... FAIL
! Testing BioPerl-1.006922 failed but installing it anyway.
Successfully installed BioPerl-1.006922
1 distribution installed

所以我不确定我现在是否能正确地使用BioPerl?我可以简单地忽略测试失败吗?我已经尝试过重新安装CPAN

代码语言:javascript
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o conf init 

在CPAN提示符中,但是结果是相同的。我正在使用PerlV5.14.2,而cpanm -v为我带来了:

代码语言:javascript
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cpanm (App::cpanminus) 1.6933 on perl 5.014002 built for x86_64-linux-gnu-thread-multi
Work directory is /home/administrator/.cpanm/work/1398677790.16651
You have make /usr/bin/make
You have LWP 6.05
You have /bin/tar: tar (GNU tar) 1.26

我对任何帮助都很满意,因为我完全是Linux新手。

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回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2014-04-28 12:40:45

BioPerl使用许多您可能尚未安装的模块。来自BioPerl安装文件:

请记住,BioPerl中有超过900个模块,并且测试套件正在运行12000多个单独的测试,一些失败的测试可能不会影响您对BioPerl的使用。

大多数情况下,您将不需要这些额外的模块,这取决于您正在使用的BioPerl中的模块。我确信BioPerl已经正确地安装在您的系统上。我会通过http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Beginners学习BioPerl。如果在“操作指南”中运行这些基本代码时出现错误,请重新发布另一个问题。

祝好运,

保罗

票数 1
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/23337680

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