Perl中的Bioperl测试错误

Question

在这里，我尝试在perl环境中使用Bioperl模块。我的配置是

• Windows /32
• Active Perl 5.10.1
• Bioperl 1.6.1
• Padre和Per Studio 2010 IDE

作为安装指南，我通过了BioPerlWiki并使用了PPM方法。我安装成功了。

为了检查Bioperl是否起作用，我进一步遵循：

use Bio::Perl;  // Is working without error

但当我试图做进一步的检查时

#!C:\Perl\bin
use Bio::Perl;
use strict;
$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);

那我就错了

Global symbol "$seq_object" requires explicit packages name at c:\.......\example.pl line 4
Global symbol "$seq_object" requires explicit package name at c:\........\example.pl line 5
Execution of C:\...... \example.pl aborted due to compilation erros

我去了c:\perldoc Bio::Perl，知道它的用途，而且我也试图通过谷歌追踪错误，但不知道出了什么问题。

我知道Perl和bioperl也在系统路径中。有人能指出我做了哪些愚蠢的错误吗？

也会要求使用bioperl邮件列表，但我知道它们的回复速度并不像堆栈溢出那样快。

谢谢

Answer 1

您可以使用诊断学实用程序扩展Perl发出的诊断信息：

use diagnostics;
# your_code

这将为您提供详细的解释：

您曾经说过“使用严格的”或“使用严格的vars"，这表示所有变量都必须在词汇上限定作用域(使用"my")，或者事先使用"our”声明，或者显式限定使用全局变量在哪个包中(使用"::")。