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plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType")Error in get_variable(physeq, sample.label) :library("phyloseq")
浏览 1修改于2017-09-15得票数 0
我使用这个名为"phyloseq“的R包来分析生物信息数据。, "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", taxmat
OTU = otu_table(otumat, taxa_are_rows = TRUE)
TAX = tax_table(taxm
浏览 2修改于2017-09-15得票数 0
我已经尝试过以下代码phyloseq::taxa_names(ps_phylum) <- phyloseq::tax_table(ps_phylum)[, "Phylum"]
ggplot(data = ., aes(x = Status, y
浏览 46修改于2020-11-12得票数 0
我在工作中经常使用phyloseq。这里讨论了for循环是否比一般的应用慢：data(enterotype)phyloseq <- filter_taxa(enterotype(phyloseq_object)$Nationality == nation &
sample
浏览 22修改于2019-11-14得票数 3
因为我已经从我的RStudio中删除了phyloseq包。每次我运行任何代码时，下面的行都会一次又一次地出现，并停止我的代码。每当我打开RStudio时，下面的行就会一次又一次地出现在控制台中。Loading required package: phyloseq unable to find required package‘phyloseq’In library(package, lib.loc =
浏览 10修改于2022-09-09得票数 0
我不确定如何给它们着色，因为代码是基于Phyloseq包的。我尝试过在plot_richness中使用aes()，但它似乎只适用于geom_boxplot()。library(ggplot2)
palette <- c("#B0F2E7", "#166AD0", "#F89EE9", "#DA0000", "#C6C3D3
浏览 49提问于2021-11-04得票数 0
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我正在尝试使用以下命令创建一个包含OTU表、分类类名、样本数据和系统树的phyloseq类对象 tax_table(taxa),
physeq = merge_phyloseq(ps, treefile
浏览 1提问于2018-02-24得票数 0
既然我已经有了phyloseq对象，我如何更改这些名称以对应于真正的序列？
提前谢谢克里斯蒂娜·保罗
浏览 6提问于2021-12-20得票数 0
我最初的尝试只是：然而，这产生了：asv_table_num <- data.matrix(asv_table, rownames.force = NA)
Error in validObject(
浏览 37提问于2019-11-13得票数 1
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我试图制作一个可以在包phyloseq中使用的对象，但我似乎无法让它工作。下面是我数据的一小部分。第一个是一张奥图表，第二个是分类群。as.matrix(OTUs)
physeq <- phyloseq
浏览 4提问于2022-11-30得票数 0
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我是一个相对较新的phyloseq，我努力获得一个相对丰富的可接受的输入表。# this works: from qza to phyloseq object features="all-table.qza",gplots::venn(list(metadata=metadata$sample_id, features=sample_names(ps))
# works: from <e
浏览 32修改于2021-04-08得票数 0
我需要将我的OTU表从我的phyloseq对象转换成一个数据框架，这样我就可以使用它来运行PICRUSt2，但是as.data.frame(physeq@otu_table)不会使它成为一个数据框架。otu_table)，当我说is.matrix(pie) #it says TRUE时，但是当我说class(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq
浏览 3提问于2021-03-09得票数 0
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我想修改phyloseq包生成的图(从github下载)。Phyloseq图是ggplot2对象，所以我认为可以通过向phyloseq创建的对象添加ggplot2对象来添加元素。例如：require(grid)require(plyr)GP <- GlobalPatterns
#do some preproces
浏览 3修改于2017-09-15得票数 3
15000_json.biom"Formal class 'phyloseq' [package "phyloseq"] with 5 slots
..@ otu_table:Formal class 'otu_table' [package "<
浏览 3修改于2017-09-15得票数 3
CYANO_gen <- CYANO %>%colSums(CYANO_gen%>%otu_table())
CYANO是我想聚集在Genus级的一个phyloseq
浏览 10修改于2022-04-11得票数 0
它涉及使用phyloseq作为依赖项。
每个样本的组在sam_data中指定，系统对象"df_family“中的列"type”是由多样性估计和标准误差组成的列表。
浏览 9修改于2022-03-14得票数 0
我试图使用Phyloseq包的merge_sample选项获得相对丰富度。当我用所有样本计算每个门的平均值时(我将以GlobalPatterns为例)；我的意思是，Globalpaters有26个样本，所以我做了一些类似的事情library
浏览 6修改于2019-11-27得票数 1
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使用df = psmelt(pseq)融化phyloseq数据以简化绘图需要很长时间，所以我想将创建的df data.frame保存到磁盘，以便在崩溃的情况下更快地恢复。
浏览 8提问于2020-04-17得票数 0
我现在在qiime2R遇到了一点麻烦。我正在学习教程，却被困在这里： unwunifrac <- read_qza("unweighted_unifrac_pcoa_results.qza")
select(SampleID, PC1, PC2) %>% l
浏览 7提问于2021-05-05得票数 0
我使用phyloseq使用所有数据创建了一个对象，然后将OTU丰度表从我的元数据中分离为不同的对象(jt = OTU表和sampledata =元数据)。
浏览 10修改于2017-11-11得票数 0
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