Phyloseq和热图

Question

我正在分析来自肺部和口腔的16s微生物组数据，我基本上是在自学R。所以我通过qiime完成了这一过程，并将两个文件上传到R中。我的OTU表使用：

otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom')

和我的那种“地图”文件，其中只包含SampleID，位置和配对。例如：

 SampleID  Location   Paired
 1_L       Lung       1
 1_M       Mouth      1
 2_L       Lung       2
 2_M       Mouth      2

代码：

map=read.csv('C:\Users\OneDrive\Mouth vs lung R map_adj.csv',
             header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F)

我的数据是成对的，我想用热图比较肺和嘴。我在使用R时遇到了麻烦。首先，它不允许我按位置来做。我试过了：

plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType")

我得到了这个错误：

Error in get_variable(physeq, sample.label) :
Your phyloseq data object does not have a sample-data component
Try ?sample_data for more details.

我去了?sample_data，我不知道我在这里错过了什么。

其次，如果有意义的话，我想通过位置和配对来实现。

有没有人能帮我写下这段代码，也许可以解释一下我在这里遗漏了什么，因为我还有一些数据，我在基线时观察了肺部微生物群，然后在两个月后又观察了一次，所以这也是配对的数据。

谢谢你的帮助!

下面是我的全部代码：

library("phyloseq")
packageVersion("phyloseq")

otu=import_biom('C:\Users\closed-ref-33031010\otu_table.biom')

map=read.csv('C:\Users\Qiime Maps\Mouth vs lung R map_adj.csv',
             header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F)

sampledata1=sample_data(map)

otu2=merge_phyloseq(otu,sampledata1)
plot_heatmap(otu2)

此外，我不确定如何创建phyloseq对象

Answer 1

这个问题的答案在专门针对该主题的帮助页面上进行了详细描述：

https://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html

除非您的问题是关于帮助页面上缺少/令人困惑的内容，否则我认为这个链接回答了这个问题。

正如评论员所提到的，如果你确实得到了具体的答案，那么某人更有可能提供一个准确而有用的答案。