qiime2R -qiime2R to phyloseq

Question

我现在在qiime2R遇到了一点麻烦。我正在学习教程，却被困在这里：

unwunifrac <- read_qza("unweighted_unifrac_pcoa_results.qza")

         unwunifrac <- read_qza("unweighted_unifrac_pcoa_results.qza")

    unwunifrac$data$Vectors %>%
    select(SampleID, PC1, PC2) %>%
    left_join(metadata) %>%
    left_join(shannon)
    ggplot(aes(x=PC1, y=PC2, color=`SPT_No`, shape=`Geosmin`, size=shannon_entropy)) +
    geom_point(alpha=0.5) + 
    theme_q2r() +
   scale_shape_manual(values=c(16,1), name="Geosmin") +
   scale_size_continuous(name="Geosmin") +
   scale_color_discrete(name="Location")

这是因为我的sampleid在我的元数据和香农向量中称为sampleid，但在未加权的unifrac qza文件中称为SampleID。

有没有人遇到过这个问题？我该如何解决它？最好是重命名这些列吗？

任何帮助都将不胜感激。

非常感谢

Answer 1

您遇到的此问题尚不清楚。你能试着发布一些东西来重现你从q2R得到的任何错误信息吗？