Phyloseq生成的堆栈栏

Question

我使用这个名为"phyloseq“的R包来分析生物信息数据。

otumat = matrix(sample(1:100, 100, replace = TRUE), nrow = 10, ncol = 10)
otumat

rownames(otumat) <- paste0("OTU", 1:nrow(otumat))
colnames(otumat) <- paste0("Sample", 1:ncol(otumat))
otumat

taxmat = matrix(sample(letters, 70, replace = TRUE), nrow = nrow(otumat), ncol = 7)
rownames(taxmat) <- rownames(otumat)
colnames(taxmat) <- c("Domain", "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", 
                      "Species")
taxmat

library("phyloseq")
OTU = otu_table(otumat, taxa_are_rows = TRUE)
TAX = tax_table(taxmat)
OTU
TAX

physeq = phyloseq(OTU, TAX)
physeq

plot_bar(physeq, fill = "Family")

因此，生成的条形图不会将同一系列堆叠在一起。例如，在示例10中有两个独立的"I“块。我知道使用ggplot2绘制的phyloseq曲线图。有没有人知道我可以向lot_bar(physeq，fill =“ggplot2”)添加哪些家族相关代码，以便在条形图中将相同的家族堆叠在一起？

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Answer 1

您需要重新排序用于x轴的因子的级别。physeq可能有一个名为"Sample“的列(没有安装相关的包)，您需要对其中的级别进行重新排序。

应该可以使用如下所示的命令

physeq$Sample <- factor(physeq$Sample, levels = paste0("Sample", 1:10))

那么它应该是正确的。

您可能需要挖掘以找到要更改的相关部分

Answer 2

实际上，恕我直言，plot_bar函数已经完成了您所要求的操作：

# preliminaries
rm(list = ls())
library("phyloseq"); packageVersion("phyloseq")
data("GlobalPatterns")
gp.ch = subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Chlamydiae")
# the function call that does what you're asking for
plot_bar(gp.ch, fill = "Family")

有关更多详细信息和示例，请参阅以下帮助教程：

https://joey711.github.io/phyloseq/plot_bar-examples.html

您还可以指定x轴分组。