Phyloseq:交换row.names in otu_table

Question

我有理由相信两个V4 16 16SrRNA序列的样品名被交换了。在我的例子中，他们是row.names of otu_table。

既然我已经有了phyloseq对象，我如何更改这些名称以对应于真正的序列？

提前谢谢克里斯蒂娜·保罗

Answer 1

这是一个小小的改进，但是您可以将元数据映射与样本合并到phyloseq中。您可以在excel中创建元数据映射，其中文件的名称是第一列(第一列没有标签)，与这些文件对应的示例名称是第二列(图中标记为Sample_Name的列)。如果愿意，可以在不同的列中添加有关示例的其他信息。然后将其保存为excel中的.txt文件。

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将其保存为.txt文件后，您可以将映射导入R中，如下所示：

map <-import_qiime_sample_data("~/Path_to_your_metadata_map/Metadata_Map.txt")

然后，您可以将地图与phyloseq对象合并：

new_phyloseq_object <- merge_phyloseq(old_phyloseq_object, map)

然后，如果以后需要制作任何call或其他图形，则可以调用您创建的Sample_Name列。就像这样：

bar_plot <- plot_bar(new_phyloseq_object, x="Sample_Name", fill="Genus")