用phyloseq合并OTU表和系统树

Question

我正在尝试使用以下命令创建一个包含OTU表、分类类名、样本数据和系统树的phyloseq类对象

ps <- phyloseq(otu_table(seqtab.nochim, taxa_are_rows=F),
           tax_table(taxa),
           sample_data(Metadata))

physeq = merge_phyloseq(ps, treefile)

我可以创建ps对象，但不能将系统树添加到此对象。这似乎失败了，因为我的OTU表和我的树(从SILVA数据库下载)上的名称不匹配。使用taxa_names，我可以看到像预期的那样为树分配了分类群名称，但是我的OTU表具有读取的每个序列的名称。

OTU表(seqtab.nochim)、分类法分配和示例数据都是完全按照dada2管道教程编写的，到目前为止，我读到的所有内容都表明，OTU表将序列作为列名是很正常的。

我很困惑，因为我的分类对象已经将从王国到属的分类法分配给每个序列读取，但是我看不到一种方法来使用这些分配来匹配系统发生树，而不是从OTU表读取的序列。

我相信这可能是我错过的一些简单而明显的东西，但任何帮助都是非常感谢的！

Answer 1

您说得对，树、OTU表和tax表需要具有相同的名称。通常，人们不会直接从席尔瓦下载树，而是从自己的dada2序列生成本地树。在本文中，作者讨论了用by Callihan et al.制作这样一棵树。这应该会产生一个树文件，其中序列作为分支的名称，它与您的其余数据兼容。如果你有其他问题，试着发布你的数据的一个可重复的子集，例如ps对象被下采样到几个样本和五个最丰富的分类群，也许我们网民可以发现问题。