phyloseq:使用tax_glom前后otu计数的差异

Question

也许我错过了tax_glom的工作方式，但由于我在这里和网络其他地方找不到任何信息，也许这里的人可以帮上忙。我不提供数据，但我可以根据要求。下面的代码突出了我遇到的问题

colSums(CYANO%>%otu_table())

CYANO_gen <- CYANO %>%
  tax_glom(taxrank = "Genus")
colSums(CYANO_gen%>%otu_table())

CYANO是我想聚集在Genus级的一个phyloseq对象，但是我注意到一个样本(命名为100)不在dataviz中。这使我检查了问题发生的地点。54个样本中有7个样本显示在附图的最后一行，是不是很奇怪？

以上代码给出的结果和2行额外的行都强调了差异的重要性，而且事实并不总是如此。

谢谢，纪尧姆

Answer 1

默认情况下，NArm函数中的tax_glom项设置为TRUE。为了避免丢失NA单元的观察，您需要设置NArm = FALSE。干杯