未能按组绘制R package Divnet生成的phyloseq对象

Question

我打算绘制我的样本的阿尔法多样性图，其中包括三个组。阿尔法分集由R包Divnet计算。它涉及使用phyloseq作为依赖项。

每个样本的组在sam_data中指定，系统对象"df_family“中的列"type”是由多样性估计和标准误差组成的列表。

下面是我使用的代码：

dv$shannon %>% plot(df_family, color = "type", group = df_family@sam_data$type) +
 xlab("sample type") +
 ylab("Shannon diversity estimate (family level)") +
 coord_cartesian(ylim = c(0,5))`

我得到的是：

这些样本是独立显示的，而不是聚在一起的。

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以下是我想要得到的：

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Answer 1

一旦您已经拥有了phyloseq对象df_family，就可以使用来自phyloseq的函数estimate_richness。然后，您可以将示例元数据加入到这个alpha多样性的数据框架中。最后，您可以直接使用ggplot2来定制相应的绘图，例如在x轴放置不同的示例组(此处为SampleType)：

library(tidyverse)
library(phyloseq)

# get example phy object
otufile <- system.file("extdata", "GP_otu_table_rand_short.txt.gz", package = "phyloseq")
mapfile <- system.file("extdata", "master_map.txt", package = "phyloseq")
df_family <- import_qiime(otufile, mapfile, trefile, showProgress = FALSE)

alphadiv <-
  df_family %>%
  estimate_richness() %>%
  as_tibble(rownames = "sample_id") %>%
  left_join(df_family@sam_data %>% as_tibble(rownames = "sample_id"))
alphadiv

alphadiv %>%
  ggplot(aes(x = SampleType, y = Shannon)) +
  geom_boxplot()

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您还可以在aes中添加其他示例属性，例如，如果aes(x = SampleType, y = Shannon, color = my_group)是一个包含f、li或si单元格的示例属性列。