phyloseq箱图的按变量着色

Question

我有一个框图(见下文)，我想根据指定的调色板通过变量进行着色。我不确定如何给它们着色，因为代码是基于Phyloseq包的。我尝试过在plot_richness中使用aes()，但它似乎只适用于geom_boxplot()。

library(ggplot2)
library(phyloseq)

palette <- c("#B0F2E7", "#166AD0", "#F89EE9", "#DA0000", "#C6C3D3", "#23202C")

plot_richness(physeq_shime, x='System', measures='Shannon') + theme_bw() + 
  xlab('SHIME') + scale_y_continuous(limits=c(2.0,3.2)) + 
  geom_boxplot(aes(fill='System')) 

如何按照自定义调色板的顺序填充箱形图？

提前谢谢。

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Answer 1

这对我很有效

library(ggplot2)
library(phyloseq)

palette <- c("#B0F2E7", "#166AD0", "#F89EE9", "#DA0000", "#C6C3D3", "#23202C")

plot_richness(physeq_shime, x='System', measures='Shannon') + theme_bw() + 
  xlab('SHIME') + scale_y_continuous(limits=c(2.0,3.2)) + 
  geom_boxplot(lwd=0.9, alpha=0.7, aes(fill=sample_data(physeq_shime)$System)) +
  scale_fill_manual(values=palette)