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我试图用hclust对象用ggtree绘制一个树状图，但是我总是收到同样的错误消息：hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- <
浏览 5提问于2020-03-30得票数 2
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使用R包生成的phylo树，APE和ggtree绘图--有人知道让树枝变短的方法吗？library(ggtree)woodmouse %>%
dist.dna() %
浏览 0修改于2018-04-03得票数 1
1回答
我正在尝试用ggtree创建一个系统树。我在调整树中心的大小时遇到了麻烦，这样表示我的序列的边缘上的符号就不会重叠，并且增加半径，这样分支长度就不会那么长。我正在使用以下脚本来创建树... geom_tippoint(aes(x=x+.01), shape=Shape
浏览 0修改于2016-03-15得票数 2
是否可以在包含ggtree的绘图中添加一个作为面板的欢乐图，如所示？游戏情节的例子是。require(ggtree)tr <- rtree(30)
p <- ggtree(tr) + geom_tipla
浏览 0修改于2017-11-29得票数 13
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我正在尝试使用R包ggtree来可视化我的多基因树。我使用以下代码：library(treeio)tree <-read.tree(text=as.character(tree_text$V1))树的某些提示标签位于打印区域之外且不可见。我希望树可以显示在A4
浏览 8提问于2018-05-01得票数 0
boot.phylo(tree_b, dna_b, B=1000, function(xx) nj(dist.dna<xx)))phylo_b<-ggtreestats graphics grDevices utils datasets [1] ggtree
浏览 5修改于2017-07-03得票数 2
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我从原始树创建了一个ggtree对象，现在正在尝试将引导值添加到节点中。我做错了什么，但我不知道是什么。以下是我所做的：gg.tr + geom_label2(aes(subset=!
浏览 0修改于2018-10-23得票数 2
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我已经安装了ggtree软件包v1.8.2，我想使用getSubtree函数。然而，我得到一个令人惊讶的错误:)：
other attached
浏览 0提问于2017-09-28得票数 0
我想用R包ggtree绘制这棵树，并显示引导值和节点的内部编号。treeplot <- function(tree, x){
ggtree
浏览 13提问于2022-08-02得票数 0
我正在使用ggtree包绘制系统发生树，我想在这些图上显示更多信息，就像论文中常见的那样。")t2 <- ggtree(tree.2, layout = 'circular')
浏览 4提问于2020-08-19得票数 0
下面是应该创建带有红色条的树图像的代码：library(treeio) mutate(range=0.1) %>% ggtree我使用的是ggtree v2.2.4、treeiov1.12.0和ggplot2 v3.3.2。
浏览 10提问于2020-10-07得票数 1
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是否可以在ggtree中高亮显示clade标签(下面的示例中是A_和B_ )？找到节点号真的很烦人，特别是当你有1000多个提示的时候。(30)ggtree
浏览 3提问于2022-07-23得票数 0
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我尝试使用命令>BiocManager:: install (" ggtree ")来安装ggtree，但最终在“获取错误>安装路径不可写，无法更新软件包”路径: C:/Program Files/R/
浏览 6提问于2021-05-21得票数 1
我试着用ggtree来制作一个图--但是当我尝试把顶端点和树枝都着色的时候，我遇到了一些问题。下面是产生问题所需的最低限度代码：p <- p %<+% my_DF + q <- q %<+% All.my_DF +
geom_tippoint(aes(color = domains.present), size这是一
浏览 7提问于2022-01-08得票数 0
我在我的系统图中添加了一些特征，并根据它们的价值对分支的宽度进行了缩放：library(tidyverse)
ggtree
浏览 0修改于2019-09-26得票数 1
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我正在使用R包ggtree构建一个系统树，并希望突出显示节点。 我的树存储在p中，我想要突出显示的节点在G10中。p <- ggtree(tree, right=T, layout="circular")
G10 <- findMRCA(tree, c("genome1","genome2","genome3","
浏览 32修改于2020-06-22得票数 1
问题是，当我使用以下代码时：source("https://bioconductor.org/biocLite.R")library(ggtree)
tree<-read.tree"spec7","spec8&q
浏览 0修改于2018-11-02得票数 0
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我知道可以通过分组小费标签来设置小费颜色：tree<-read.tree(text="(A,(B,C));"p<-ggtree(tree)p
这样
浏览 9提问于2020-09-09得票数 0
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我在用ggtree标记我的树中的单个提示时遇到了问题。我正在尝试使用geom_hilight和geom_cladelabel突出显示和标记树中的节点。
浏览 54修改于2020-03-23得票数 4
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我有以下树mytree：library(ggtree)mytree <- structure(list(edge = structure(://phylopic.org/assets/images/submissions/77801963-4647-4921-9c6a-44ab9beb3917.thumb.png"))
tr <- ggtree
浏览 1修改于2020-04-23得票数 0
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