如何增加ggtree中的最大分支宽度？

Question

我在我的系统图中添加了一些特征，并根据它们的价值对分支的宽度进行了缩放：

library(ggtree)
library(tidyverse)

tree <- rtree(3, rooted = T)
trait <- data.frame(node = 1:(length(tree$edge.length)+1),
                    thing = rnorm(n = length(tree$edge.length)+1, mean = 4))

t <- full_join(tree, trait)
ggtree(t, aes(size = thing))

特别是当性状值有很大的范围时，分支的宽度需要能够反映这一点。如何指定分支的最大宽度？

Answer 1

在映射trait$thing美学时直接调用size向量。最好确保trait是由tree$tip.label订购的，尽管ggtree可能在内部进行一些匹配。

library(ggtree)

tree <- rtree(3, rooted = T)
trait <- data.frame(node = 1:(length(tree$edge.length)+1),
                    thing = rnorm(n = length(tree$edge.length)+1, mean = 4))

ggtree(tr = tree, aes(size = trait$thing)) + 
  scale_size_continuous(range = c(0.2, 2))

来自?scale_size_continuous

范围

长度为2的数字向量，指定转换后绘图符号的最小和最大大小。