我怎样才能让ggtree::geom_range工作？

Question

我正在尝试向节点添加范围条，如树数据簿中所描述的。以下是我正在努力实现的目标的一个例子：

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注意红色的条子。

下面是应该创建带有红色条的树图像的代码：

library(tidyverse)
library(treeio)
library(ggtree)

# create a tree and add a numeric annotation called 'range'
tree = rtree(3) %>% as.treedata %>% as_tibble %>% 
  mutate(range=0.1) %>% 
  as.treedata

# plot the tree and add red bars with geom_bar()
ggtree(tree)  + geom_range(range='range', color="red")

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但是，生成的地块没有红色条。

要向每个节点添加红色条，我需要做什么？

我使用的是ggtree v2.2.4、treeiov1.12.0和ggplot2 v3.3.2。

Answer 1

您只给了range一个值。在链接的示例中，列range是一个列表，其中每一行包含一个最小值和最大值。所以你可能想要这样的东西：

library(tidyverse)
library(treeio)
library(ggtree)

# create a tree and add a numeric annotation called 'range'
tree = rtree(3) %>% as.treedata %>% as_tibble %>% 
  mutate(number = 1:5,
        range = lapply(number, function(x) c(-0.1, 0.1) + x)) %>% 
  as.treedata

# plot the tree and add red bars with geom_bar()
ggtree(tree)  + 
  geom_range("number", range='range', color="red", size = 3, alpha = 0.3) + 
  theme_tree2()

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