ggtree:通过提示标签突出显示clades

Question

是否可以在ggtree中高亮显示clade标签(下面的示例中是A_和B_ )？找到节点号真的很烦人，特别是当你有1000多个提示的时候。

set.seed(2015-12-21)
tree <- rtree(30)
tree$tip.label <- c(paste0(rep("A_", 15), rep(1:15)), paste0(rep("B_", 14), rep(1:14)), "C_1")
ggtree(tree) + geom_highlight(node = 33) + geom_tiplab() + xlim(NA, 8)

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Answer 1

指定id的第一个

id <- c("A_", "B_", "C_")

然后使用ape包查找MRCA节点。

parent_nodes <- sapply(id, function(x) ape::getMRCA(tree, tree$tip.label[str_detect(tree$tip.label, x)]))
parent_nodes
$A_
[1] 33

$B_
[1] 47

$C_
NULL

用它们来达到高等级的目的：

ggtree(tree) + geom_highlight(node = parent_nodes[1:2]) + geom_tiplab() + xlim(NA, 8)

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