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ggtree学习笔记2
树文件使用ggtree软件包中的示例文件 sample.nwk (((((((A:4,B:4):6,C:5):8,D:6):3,E:21):10,((F:4,G:12):14,H:8):13):13,( (I:5,J:2):30,(K:11,L:11):2):17):4,M:56); 最基本的操作 读入数据和展示结果 library(ggtree) tree<-read.tree("sample.nwk ") ggtree(tree)+geom_tiplab()+ geom_tippoint() ? 函数中的一些参数 align=T 标签右对齐 linesize = 16 标签右对齐后会有线连接，设置线的粗细 linetype = 1 设置线的类型，默认是虚线 offset=2设置标签距离枝末端的距离 ggtree (tree)+geom_nodelab(aes(label=node)) ggtree(tree)+ geom_hilight(node = 23,fill="green",alpha=0.5)+
1.2K10发布于 2020-03-03 - 来自专栏R语言数据分析指南
ggtree绘制离散型环状热图
❝本节来复现「nmicrobiol」上的一张图，此图有些小细节因此适用于「ggtree」绘制不需要其它扩展包；下面小编就通过一个详细的案例介绍如何绘制此图； 参考文档 ❝https://yulab-smu.top /treedata-book/chapter7.html ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(ggtreeExtra) library(ggnewscale ) 读入树文件 tree <- read.tree("RAxML_bipartitions.allUK_1000.nwk") 绘制进化树 cir <- ggtree(tree, layout="circular
1K10编辑于 2022-12-20 - 来自专栏企鹅号快讯
GGTREE，让进化树不再单调
谢谢在这个人生阶段中所有帮助过我的人，来个高难度的比心 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~割~~~~~~~~~ 吐槽完，开始推送的内容 今天为大家介绍一款绘制进化树的R语言包，就是GGTREE 今天就来说说这个R语言包，这个包是非常新的包，发表文章的剪影如下： 这款可以对进化树进行注释的包——GGTREE，支持多种数据格式，包括newick, nexus, NHX, phylip 和 jplace ，也可对phylo, multiphylo, phylo4, phylo4d, obkdata 和 phyloseq格式的文件进行可视化呈现，还能够与其他软件输出的文件有很好的兼容性 GGTREE的功能是非常丰富的 中文：https://cosx.org/2015/11/to-achieve-the-visualization-and-annotation-of-evolutionary-tree-using-ggtree
1.8K70发布于 2017-12-29 - 来自专栏微生态与微进化
一步一步教你使用ggtree
暂且不说在断网情况下，假使我们要批量化绘制系统发育树，就需要一款可以融入本地编程的工具：ggtree。 ggtree是R语言中一个强大的系统发育树可视化及注释软件包，在Bioconductor中发布，同时兼有ggplot2的优点。 ggtree可以读取多种格式（包括newick，nexus，NHX，jplace和phylip）的系统发育树，并结合不同类型的相关数据进行注释分析。 在R中ggtree的安装方法如下： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ggtree") ggtree需要依赖Bioconductor 作为ggplot2的拓展包，ggtree可以充分利用ggplot2来进行系统发育树的注释和美化，做出更加丰富多彩的图形。
10.5K31编辑于 2022-05-05 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
ggtree~从进化树中挑选子集
简单例子 树文件使用treeio包里带的示例文件sample.nwk nwk<-system.file("extdata","sample.nwk",package="treeio") library(ggtree ) tree<-read.tree(nwk) ggtree(tree)+ geom_text2(aes(subset=! $tip.label[-match(reserve_tip,tree$tip.label)] to_drop tree_reduced<-treeio::drop.tip(tree,to_drop) ggtree
2.3K20发布于 2020-04-27 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言ggtree按照指定的节点旋转树
R语言里的ggtree这个包可视化进化树有一个默认的顺序，如果想要改变枝的相对位置应该如何实现呢？ 通过查找ggtree作者写的帮助文档找到了对应的办法，可以使用rotate()函数 ggtree的帮助文档链接 http://yulab-smu.top/treedata-book/index.html 对层次聚类的结果进行展示 library(ggtree) ggtree(df.hclust)+ geom_tiplab(offset = 2)+ xlim(NA,280)+ geom_highlight 可以直接用ggtree中的rotate()函数。rotate()接受两个参数，一个是需要旋转的节点。 (node = 34,fill="blue") p2<-ggtree::rotate(p1,33) p2+ geom_hilight(node=34,fill="blue") ?
2.2K22发布于 2021-01-20 - 来自专栏作图丫
ggtree-给你的进化树盛世美颜
ggtree是一个功能强大的系统发育树可视化及注释R语言软件包，在Bioconductor中发布，是ggplot2的扩展包。ggtree可以读取多种数据格式的系统发育树，并对其进行注释分析。 ggtree的安装 首先通过bioconductor安装ggtree包（在接下来的绘图展示中，还需要安装其他依赖包，也可以用此命令安装） if (! ") library(ggplot2) # 加载ggplot2 library(ggtree) ggtree的使用 01 函数介绍 首先介绍一下ggtree函数以及内部的参数 ggtree( tr 小伙伴们是不是对使用ggtree绘制树状图增加了许多了解呢？ 大家可以进一步去开发ggtree的其他功能，关于ggtree更详细的信息也可以参考：https://yulab-smu.top/treedata-book
14.1K42编辑于 2022-03-29 - 来自专栏R语言交流中心
R语言之系统进化树的美化
我们今天就不一一介绍树状图的形成，如果实在没操作过那可以参考下面的创建进化树数据的实例： mafft --auto ggtree.fasta > ggtree_aligned.fasta##序列的比对 /FastTree ggtree_ aligned.fasta >ggtree_resource.tree ###最大似然法进化树构建 接下来就是我们今天的主题如何对获得进化树数据进行美化。 需要用到R语言的包ggtree。 包的安装我们就是不赘述了，请参考bioconductor安装方式。 首先我们看数据的导入。所用到的函数是read.tree。 ? 接下来我们看下其绘制进化树图的主函数ggtree。 ? 主要参数： Tr主要是进化树的数据 Layout主要是展现的样式具体的我们引用下官网的例子： ? 当然此包也引入了序列的可视化展示： fasta <-system.file("examples/FluA_H3_AA.fas", package="<em>ggtree</em>") msaplot(ggtree(beast_tree
5.8K20发布于 2019-07-31 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言ggtree画圆形树的时候增加中心的空白区域
画圆形树形图的时候 正常出图如下 library(ggplot2) library(ggtree) set.seed(2017-02-16) tree1 <- rtree(50) ggtree(tree1 如果要增加中心的空白区域，可以使用xlim()函数来调节 library(ggplot2) library(ggtree) set.seed(2017-02-16) tree1 <- rtree(50 ) ggtree(tree1,layout = "circular", branch.length = "none")+ geom_tiplab()+ xlim(-20,NA) 参考链接 https://stackoverflow.com/questions/36000716/ggtree-change-radius-scale！
75430发布于 2021-07-30 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Communications学作图：R语言ggtree绘制进化树
的左侧的进化树，右侧的注释信息添加单独出一篇推文介绍 image.png 论文中提供的代码写到作图用到的是ITOL,所有的图都用ggplot2系列的包来做的话，后续拼图就会省去很多麻烦，这里介绍一下用ggtree 这个方法不一定对） mafft otus_0.01.fa > otus_0.01_aligend.fa iqtree -s otus_0.01_aligend.fa 最基本的进化树展示 library(ggtree ) library(treeio) tree<-read.tree("data/20220626/otus_0.01_aligend.fa.treefile") ggtree(tree)+ geom_tiplab %>% arrange(desc(y)) 然后使用annotate()函数添加背景颜色，这里正常使用geom_rect()函数应该也可以，但是不知道为什么调节透明度的参数alpha不起作用 ggtree
1.8K30编辑于 2023-01-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Plants学作图：R语言ggtree包展示进化树
.19125641 看了论文，提供了论文中所有树图的原始树文件，虽然没有提供代码，应该能利用原始数据模仿出来 今天的推文重复一下论文中的Figure4b image.png 首先是读取树文件 library(ggtree /phylogenetic trees/Fig4b_resequencing_tree.nwk", node.label = "support") 最基本的树 ggtree 不太懂 去掉枝长信息 ggtree(tree,branch.length = "none") image.png 添加文字标签 ggtree(tree,branch.length = "none ")+ geom_tiplab(size=1.5) 添加表示Bootstrap值的点 ggtree(tree,branch.length = "none")+ geom_tiplab(size =1.5)+ geom_nodepoint(aes(size=support,x=x-0.5)) 变成环形 ggtree(tree, branch.length = "none",
4.6K10编辑于 2022-05-23 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果
所以我搜索 ggtree show cluster result 找到 http://yulab-smu.top/treedata-book/chapter9.html 这个应该是Y叔专门为ggtree 这里写到直接将聚类分析的结果传递给ggtree()就可以，比如 library(ggtree) hc <- hclust(dist(mtcars)) ggtree(hc) 这里我先用了 我之前在3.6.1 版本上安装的ggtree，是不可以的。 应该是需要更新到最新的ggtree版本。如何更新R包这里我没有仔细研究。 library(ggtree) hc <- hclust(dist(mtcars)) ggtree(hc) ?
4.1K70发布于 2020-11-13 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件 image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree df<-read.csv("tree_anno.csv",header=T) 分组信息和树文件整合到一起 tree_1<-full_join(tree,df,by="label") 可视化展示树 ggtree scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了 自定义颜色 colors<-c("#3cb346","#00abf0","#d75427","#2e409a") ggtree offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点 ggtree
5.6K40发布于 2021-07-12 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作
ggtree是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包，ggtree的作者还专门写了一本书对ggtree的用法进行了详细的介绍，相关链接是 https://yulab-smu.top/treedata-book 最新版的ggtree还可以接受R语言里层次聚类分析的结果，画聚类树展示结果，非常方便。我之前也录制过视频进行介绍。 ，直接加读进来的树文件 library(ggtree) ggtree(tree) ? 添加文字标签 用到的的geom_tiplab() ggtree(tree)+ geom_tiplab() ? ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ theme_tree2()+ xlim(NA,0.8) ?
14.8K32发布于 2021-01-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言ggtree画聚类树图的时候的报错和解决办法
之前录制了一起视频介绍了使用R语言的ggtree包可视化展示层次聚类分析结果的视频 最近好几个读者在公众号留言画图的时候遇到报错 c2741754fed0c3d43cff75ff709fe8a.png caller_env) : argument "caller_env" is missing, with no default 这个报错具体原因是什么我暂时也不知道，但是搜索这个报错找到了一个解决办法是 把已经安装好的ggtree 删除，然后使用命令remotes::install_github("YuLab-SMU/ggtree")重新安装，这样就没有报错了 参考链接是 https://stackoverflow.com/questions /67542581/ggtree-2-4-2-error-error-in-datamasknew-data-caller-env-argument-calle 如果遇到了这个报错可以按照这个方法试试， 关于ggtree还录制了视频 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学
1K20发布于 2021-08-31 - 来自专栏作图丫
技术贴：R语言拼图全面介绍
)) + geom_point() p2 <- ggplot(mtcars, aes(mpg)) + geom_density(fill='steelblue', alpha=.5) + ggtree <- p %>% insert_top(p2, height=.3) %>% insert_left(p3, width=.1) 我们再来对比一下patchwork： library(ggtree 这样更复杂一些的图形也可以轻松实现： library(readr) library(tidyr) library(dplyr) library(ggplot2) library(ggtree) file <- ggtree::ggtree(clust) v_clust <- hclust(dist(mat %>% as.matrix() %>% t())) ggtree_plot_col <- ggtree , width=.2) %>% insert_top(labels, height=.02) %>% insert_top(ggtree_plot_col, height=.1) 小编总结
6.3K22编辑于 2022-03-29 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature学作图：R语言ggtree给进化树的节点添加饼状图
论文整体的内容我看起来还是非常吃力的，但是论文中关于进化树的作图方法我可以写个教程分享给大家 今天推文的内容重复一下论文中的Fig4a 进化树叠加图片并在节点上叠加饼状图 image.png 首先是进化树 library(ggtree ) library(scatterpie) tree<-read.tree("data/20220930/fig4a.nwk") ggtree(tree)+ geom_tiplab()+ xlim(NA,15) image.png 叠加图片 ggtree(tree)+ geom_tiplab(aes(image=paste0("data/20220930/",label,".png % write_csv("data/20220930/pie_df1.csv") pie.df<-read_csv("data/20220930/pie_df1.csv") pie.df ggtree offset = 4)+ theme(legend.position = c(0.2,0.8))+ coord_fixed() image.png 这里如何旋转每个饼状图暂时想不明白了 ggtree
90510编辑于 2023-01-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Gut学画图：R语言ggtree包画弦图的简单小例子
image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现，最近在学习ggtreeExtra，对应的论文里有一个图 image.png 最内圈基本是一样的，实现这个内圈的函数是ggtree 包的geom_taxalink()函数，这里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree会遇到报错 Error in numnotnull("fontsize") : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因，我安装了4.1.0版本的R和3.0.2版本的ggtree就没有这个报错 下面介绍代码 首先是自己准备一个newick格式的树文件 image.png 同一个组的数据用括号括起来 ，中间逗号分隔，不同组之间用逗号分隔，最后一个括号将所有内容括到一起，最后是一个分号 画一个树形图展示一下 library(ggtree) library(treeio) tree<-read.tree ("example.txt") ggtree(tree,layout = "circular")+ geom_tiplab() image.png 接下来是一个分组文件用来给tip映射颜色
1.5K30发布于 2021-08-31 - 来自专栏生信技能树
使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建
因为最近在学习Y叔的R包--ggtree，所以就顺便拿这个内容来进行展示，作为一个例子来记录。 nwk树文件和R代码文件我已经放在github：https://github.com/Lxmic/ggtree_note 1. ggtree安装 关于这个包，y叔已经写了相当详细的说明，有一个完整的电子书 我已经在ggtree group中提出来问题，希望能得到解答 ? 圈图最终的结果 4. 所以我自己也摸索了好久，还不断在ggtree group这个Y叔创建的问题论坛问问题，来一步步解决。Y叔还是解答的很及时的，经常会马上回答你。 /man/ggtree.pdf (3) [https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/52 全国巡讲约你 第1-11站北上广深杭，西安，郑州， 吉林，武汉
9.5K30发布于 2019-08-02 - 来自专栏博文视点Broadview
我筹划了近10年的书，终于出中文版了！
经过一段时间的思考之后，ggtree的原型在我脑海中可以说是呼之欲出，于是我很快就把它实现出来，第一个版本的ggtree已经是支持图形语法进行图层的叠加、支持外部数据的整合、能够解析整合大量的软件输出， ggtree一经发布，就受到了广泛的关注，我心中时常有个疑问，我是一个闯入这个学科的新人，为什么是我这样的新人来做这个事情？ 熟悉我的人都知道，我开发的软件都是长时间维护的，ggtree从2014年12月开始，到现在也接近10年了，我们的维护更新，从来没有间断过。 ggtree一直处于比较活跃的开发状态，在开发的过程中也孕育了不少R包，包括ggtree本身被拆分为tidytree（将树和相关数据以表格形式呈现，以tidyverse的方式进行操作）、treeio（用于树和相关数据的输入输出 ，解析大量异质性数据，统一下游分析输入）和ggtree（专注于数据的可视化），支持使用图片注释树的功能分离出来形成了ggimage，应用于拼复合图的功能形成了aplot，以及我们从ggtree衍生开发出来的用于高维度数据整合可视化的
56420编辑于 2023-04-06
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