如何用引导值注释ggtree对象？

Question

我有一个phylo类的系统发育树，有24个提示和23个内部节点。我使用boot.phylo对这棵树和数据进行了引导分析，其中返回了23个引导值的向量。我从原始树创建了一个ggtree对象，现在正在尝试将引导值添加到节点中。我做错了什么，但我不知道是什么。

以下是我所做的：

gg.tr <- ggtree(mp.tree)
gg.tr + geom_label2(aes(subset=!isTip, label=bphylo$BP))

bphylo$BP是23引导值的向量。当我运行这段代码时，我会得到以下错误：

Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (47): subset, label, x, y

我不明白这个错误，因为我只想将引导值放在23个可能的47个位置上。

当我调用以下函数时，得到的值为23：

length(which(gg.tr$data$isTip==FALSE))

如果gg.tr$data$isTip==FALSE的长度为23，而我有23个引导值，为什么我会收到一个错误的信息，告诉我标签的长度是错误的？

Answer 1

您可以用geom_text对树进行注释。如果没有看到您的数据，就很难知道发生了什么，但是下面是一个具有可复制数据集的示例。

library(devtools)
devtools::install_github("GuangchuangYu/ggtree")

bs <- data.frame(nodename = c("t30", "t12", "t22", "t26", "t6", "t17", "t4","t7", "t9", "t1", "t8", "t25","t23",
                          "t28", "t10", "t20", "t3",  "t11", "t19", "t29", "t2","t18", "t24",
                          "t27", "t15", "t13", "t14", "t16", "t5","t21"), bootstrap = c(runif(30, 85, 98)), stringsAsFactors = F)
bs$bootstrap <- round(bs$bootstrap, digits = 0)
rownames(bs) <- NULL
nodesupport = c(round(runif(59, 65, 80), digits = 0))

set.seed(0)
tree <- rtree(30)
p <- ggtree(tree)
p <- p %<+% bs + geom_tiplab()
p <- p + geom_text(aes(label = bootstrap), hjust = 1, vjust = -0.4, size = 3) + geom_nodelab(aes(label = nodesupport)) # specify your node label here, looks like BP
p

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