无法用ggtree绘制hclust对象

Question

我试图用hclust对象用ggtree绘制一个树状图，但是我总是收到同样的错误消息：

Error: `data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust

我一直在广泛地寻找解决办法，但没有找到任何解决办法。此外，我还了解到ggtree 支持 hclust对象，这使我更加困惑。来自这里

ggtree包支持R社区中定义的大多数分层聚类对象，包括hclust和dendrogram以及集群包中定义的agnes、diana和twins。

我从上面的链接中借用了一个可重复的例子：

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

这又给了我上述错误。如果我使用rlang::last_error()获取一些上下文，我得到：

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
 1. ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 3. ggplot2:::ggplot.default(...)
 5. ggplot2:::fortify.default(data, ...)

如果我使用rlang::last_trace()来获得更多的信息：

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
    x
 1. \-ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 2.   +-ggplot2::ggplot(...)
 3.   \-ggplot2:::ggplot.default(...)
 4.     +-ggplot2::fortify(data, ...)
 5.     \-ggplot2:::fortify.default(data, ...)

但我真的能看出是怎么回事..。

Answer 1

我设法解决了我的问题。我会把它贴出来，以防将来对别人有帮助。

显然，当我从生物导体重新安装ggtree时，我运行的是一个旧版本的ggtree，它没有正确更新，我不知道为什么。无论如何，我试图通过显式地在安装调用中设置version参数来重新安装它：

BiocManager::install("ggtree", version = "3.10")

然后我可以成功地运行我的可复制的例子：

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

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注意，作为前面的解决办法，我通过将hcluster对象从ggtree包转换为带有as.phylo()函数的phylo对象，成功地用ape绘制了该对象：

hc <- hclust(dist(mtcars))
hc <- ape::as.phylo(hc)
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')