如何缩短/截断ggtree中的分支

Question

使用R包生成的phylo树，APE和ggtree绘图--有人知道让树枝变短的方法吗？

我的角度是，我比较的主要是种内，但增加了两个关系最密切的物种，部分是为了树根。然而，与近缘物种的进化距离要比物种内的距离高得多，这意味着我有一个超长的分支，占用了太多的空间。因为图像被放大以显示其他物种，所以很难分辨物种内部差异的细节。

显而易见的手动解决方案是改变R之外的图像，但我更喜欢编程解决方案。

据我所见，ggtree有“缩放”功能，但这只是与类的宽度有关，而不是深度。我看过ggtree中的图，有我提到的那种截断(用虚线显示截断区域)，但我不知道这些细节是否在完成绘图后被编辑过。

这是我正在工作的那棵树

下面的代码可以生成一棵树，其中包含了来自ape的数据。截断问题也适用于这里的大多数分支。

library(ape)
library(ggtree)
data("woodmouse")
woodmouse %>% 
  dist.dna() %>% 
  nj() %>% 
  ggtree() + 
  ggtitle("Example") + 
  geom_treescale()

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Answer 1

你试过吗

ggtree()
  xlim(-18, +25) + 
  ggtitle("Example") + 
  geom_treescale()