ggtree更改半径刻度

Question

我正在尝试用ggtree创建一个系统树。我在调整树中心的大小时遇到了麻烦，这样表示我的序列的边缘上的符号就不会重叠，并且增加半径，这样分支长度就不会那么长。任何关于如何做到这一点的建议或提示都将不胜感激。提前感谢！

我正在使用以下脚本来创建树...

ggtree(PhyMLAATree, layout = "circular") + 
    geom_tippoint(aes(x=x+.01), shape=Shape, fill=Fill, size=3)

这两个图像显示了我正在创建的内容和我正在尝试创建的内容。树的外观如下所示：

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希望最终的树看起来更像这样，中心更大：

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我尝试分配一个有更多空间的设备，但在树上得到相同的比例(quartz(width=12，height=12) )

Answer 1

这可以通过使用layout = "circular"指定xlim来完成，如下所示：

nwk <- system.file("extdata", "sample.nwk", package="treeio")
tree <- read.tree(nwk)

library(ggtree)

ggtree(tree, layout = "circular") +
  geom_tippoint() +
  geom_tiplab2(offset = 7) +
  xlim(-150, NA)

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如图4.3中所述的in the ggtree documentation。使用xlim值来更改中心的直径。