ggtree中基于外部数据集的颜色标注

Question

我有一个.tre格式的系统发育树和伴随的数据集。这棵树的确切形式并不重要，它只是一个随机的系统发育树。数据集有两列：names、和。

在绘制这样的树时，我很可能会从伴随的数据集中向树添加颜色点(两种不同颜色)。问题是，当我使用以下代码时：

ggtree(RANDOMTREE) + geom_tippoint(pch=16, col=RANDOMDATA$color) + geom_tiplab(offset=0.1)

当然，它为点着色，但颜色有它们在所附数据集中的顺序。

但是我想将基于树中物种的名称的颜色与数据集中的颜色进行匹配(它们是相同的格式，但顺序不同)。我还没弄明白呢。你能帮帮我吗？

非常感谢。

示例代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")
library(ggtree)

tree<-read.tree(text="(spec1,((spec2,(spec9,(spec3,spec5))),spec8,(spec6,(spec7,spec4))));")
dataset1<-data.frame("name" = c("spec1","spec2","spec3","spec4","spec5","spec6","spec7","spec8","spec9"), "colour" = c("red","red","blue","red","red","blue","blue","red","blue"))

ggtree(tree) + geom_tiplab() + geom_tippoint(pch=16, col=as.factor(dataset1$colour))

我得到了什么：错标树

我想要的是：正确标记树

Answer 1

我可以得到正确的分组，但不能从球棒上得到正确的颜色

p <- ggtree(tree) + geom_tiplab()
p <- p %<+% dataset1 + geom_tippoint(pch=16, aes(col=colour))
p

我用这个作为参考：https://aschuerch.github.io/posts/2017-04-24-blog-post-1。包裹的文件很糟糕。你可以通过切换“红色”和“蓝色”:p来实现你想要的。

它采取排序的颜色，并使它与一个内置的颜色刻度。因此，如果标度以(红色，蓝色)开头，而你的系列是(蓝色，红色)，那么它就按照这个顺序进行匹配。讲得通?

编辑:安装这个软件包是一场噩梦，如果有一个像https://cran.r-project.org/web/packages/data.tree/vignettes/data.tree.html这样简单的软件包，我建议尝试其他软件包。它卸载了我的许多核心软件包，例如dplyr和data.table，它有大量的依赖项。