如何在ggtree中设置特定的提示标签颜色

Question

我知道可以通过分组小费标签来设置小费颜色：

library(ggtree)
tree<-read.tree(text="(A,(B,C));"
dd <-data.frame(taxa=c("A","B","C"),place=c("s1","s1","s2"))
p<-ggtree(tree)
p<-p %<+% dd +geom_tiplab(aes(color=place))
p

这样，就可以根据位置组应用随机的颜色集。

但是我如何指定自己的颜色呢？(例如，我希望s1为黑色，s2为红色)

Answer 1

您可以通过在树和分支上使用groupOTU来设置顶部颜色。

tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
branches <- list(A=1,B=2,C=3)
tree <- groupOTU(tree,branches)

p <- ggtree(tree) + geom_tiplab(aes(color=group))+
  scale_color_manual(values=c(A = "#E7B800",B= "#FC4E07", C = "darkgreen"))
p

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