用ggtree计算和绘制引导值

Question

我有一个带有系统发育树的文件，它是执行RAxML的输出。我想用R包ggtree绘制这棵树，并显示引导值和节点的内部编号。

实际的代码用节点号绘制树，但我不知道是否需要计算引导值，还是从RAxML文件中获取它们。如果我要计算它们，我怎么做呢？我已经搜索过ape包函数，但什么也找不到。

treeR <- treeio::read.tree("RAxML_bipartitionsBranchLabels.tre")
treeplot <- function(tree, x){
  ggtree(tree) + 
    geom_tiplab(align=TRUE, size=3, color='#609ECF', linesize=.5) + 
    hexpand(.3) +
    labs(title = x) +
    # geom_text(aes(label=bootstrap), hjust=-.25, size = 3) +
    geom_text2(aes(subset=!isTip, label=node), # subset=!isTip
               size = 3.5,
               color = "#0063B1",
               hjust = 1, 
               vjust = -1.5
               ) 
}

treeplot(treeR, "Phylogenetic tree")

RAxML文件：https://drive.google.com/drive/folders/1KcOnFWUcLetkDj5Q9Y2KQaSHdsQf2isR?usp=sharing

Answer 1

您的脚本看起来很好，唯一的问题是您应该使用read.raxml函数来读取树

https://rdrr.io/bioc/treeio/man/read.raxml.html

这将显示您的引导值。