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如何解决此问题： ApplicationError:来自'blastn -out /content/output/kitasatospora/out.txt -outfmt 6 -query /content/sequence_USA_utah.fasta -subject /content/sequence_USA_utah.fasta'，message '/bin/sh: 1: blastn: not
浏览 16提问于2020-11-10得票数 0
我可以修改blastn程序的命令行参数，以更改各种参数，如匹配/不匹配分数。
我想知道--对于blastn输出的‘位分数’，比较具有相同查询和数据库序列但不同匹配/不匹配参数的比特分数有意义吗？
浏览 8提问于2009-11-23得票数 2
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blastn -db ../lotus-date -query $file > $file.blastndone
有没有一种方法可以推断这段代码在完成后需要多长时间才能运行？
浏览 0修改于2022-01-29得票数 0
我想使用NCBI BLAST+针对一个参考基因组对几个序列进行BLASTn，并且只输出带有登录号、E值和其他信息的行，从BLAST+输出(因为从BLAST+输出有几条无关的行)输出到csv。输出csv：GSEABLAST.csvfor acc in `cat GSEA-toBLASTaccession.txt`; do
echo $acc | blastn
浏览 2提问于2018-07-27得票数 1
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我需要知道查询在哪些主题上匹配以及在哪里匹配，并且这个匹配率必须是100%。有没有办法使用blastall做到这一点？
浏览 3提问于2012-04-05得票数 0
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我尝试过将其更改为blastx，并且使用cmd="blastn“也没有效果。有什么建议吗？
浏览 0修改于2014-05-09得票数 1
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我的脚本输出的错误：以前的职能： """Run blastn under given percent identity"""
浏览 4修改于2015-04-17得票数 2
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我正在尝试查看shutil.which()是否可以从NCBI的BLAST中找到blastn命令。在我的终端上运行which blastn会导致/usr/local/bin/blastn。但是，如果我执行shutil.which("blastn")，它只返回None。搜索Python运行良好，因为shutil.which("python")返回/usr/bin/python。
浏览 53提问于2020-04-17得票数 1
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我的当前代码如下：use warnings;my $prog = "blastn";}scf_62525_290.contig_1 BLAST blastn 1 3954 7302 + .scf_62525_290.contig_1
scf_62525_290.contig_1 BLAST blastn
浏览 1修改于2016-01-11得票数 1
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我试图通过细菌和古埃及的分类来过滤一个爆炸的网络搜索，这是我的代码：blastn_command.tab",remote=True,entrez_query="txid2157[ORGN] OR txid2[ORGN]")我得到了一条错误信息： File "te
浏览 18提问于2022-01-21得票数 1
blastn_cline = NcbiblastnCommandline(query=filepath, db=db, evalue=0.1, outfmt=5, out=out, task="blastn-short", dust="no")2011-12-17 12
浏览 1修改于2011-12-19得票数 2
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我有两排，如下所示Tp1g00130_scaffold_1 blastn exon 20495 20804 . + .
浏览 0修改于2015-03-12得票数 0
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我使用子进程Popen来调用blastn查询。cmd_list = ['blastn','-db', sequences_db, '-query','temp_query.fasta','-outfmt','6'] out = blast_process.stdout.read() print(err)
浏览 0修改于2017-11-18得票数 0
Desktop/search_for_TDS/claClusterSeq -query ~/path/to/file/abc -out ~/Desktop/hallo_blast123"
/home/xyz/blastn -db ~/Desktop/search_for_TDS/claClusterSeq
浏览 2修改于2017-03-08得票数 1
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biopy_resources\Section1\Chap8\buccal_swab.unmapped1.fasta",format="fasta")from Bio.Blast import NCBIWWW
handle = NCBIWWW.qblast("blastn</em
浏览 3提问于2022-11-08得票数 0
我在论坛上搜索了我的问题，找到了许多解决方案，但都没有解决这个问题Trabalho/SQL_Temporario/Insetos/Blastn_1"我得到了以下错误：我在论坛上关注了许多帖子，找到了解决方案，我尝试使用以下命令：
load data local inf
浏览 0提问于2017-03-23得票数 0
我用python编写了以下代码： if items_1.endswith('file1.blastn.xlsx'):_1, sep='\t', names=['type', 'ID', 'type2', 'Name_file1'])
elif items_1.endswith('file2.blastn.xlsx_1, sep='
浏览 4修改于2020-02-25得票数 0
在mirbase上，在分析结束时，它们会给出以下参数设置：搜索算法: BLASTN序列数据库:成熟Evalue截止值: 10最大比对: 100字大小:4匹配分数：+5失配惩罚：-4
这是我在电脑上使用的/blastn -db /home/marianoavino/Downloads/mature -evalue 10 -word_size 4 -query /home/marianoavino/Downloads/testinputblast.fasta -
浏览 3提问于2017-11-20得票数 0
我需要从多个输出文件中删除不必要的数据，每个文件的一部分如下所示# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:18697:4431_2:N:0:196# 0 hits found# Query:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
浏览 0修改于2018-11-21得票数 1
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