为什么Python的shutil.which()不能工作？

Question

我正在尝试查看shutil.which()是否可以从NCBI的BLAST中找到blastn命令。在我的终端上运行which blastn会导致/usr/local/bin/blastn。但是，如果我执行shutil.which("blastn")，它只返回None。搜索Python运行良好，因为shutil.which("python")返回/usr/bin/python。为什么会发生这种情况？

Answer 1

这意味着shell中的环境与Python运行时中的环境具有不同的路径。有许多可能的原因，但它通常会发生，因为您的.bashrc中的某些内容会附加到PATH中，这将在shell中看到，但不会被Python看到。

要在shell中检查环境，请执行以下操作：

$ echo $PATH

要使用Python检查环境，请执行以下操作：

import os
print(os.environ["PATH"])

您可能会发现，shell的环境在PATH中的位置为blastn，而Python的环境中没有。