在apache中使用子进程时出现的“命令未找到”错误

Question

我正在尝试将django项目从开发服务器转移到生产服务器。我已经解决了几乎所有的事情，只有一个(大的)例外。当我在终端中运行以下代码(使用python manage.py shell)时，它可以正常工作，但是在我的apache (使用mod_wsgi)中运行时，它不会运行得很好。

我的代码：

    ...
    blastn_cline = NcbiblastnCommandline(query=filepath, db=db, evalue=0.1, outfmt=5, out=out, task="blastn-short", dust="no")
    process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)
    proc_out, proc_err = process.communicate()
    err_log = open('/Users/basehunt/logs/ncbi_error_log.log', 'a+')
    err_log.write("\n"+str(datetime.datetime.now())+": "+str(proc_err))
    err_log.close()
    ...

当我在运行完终端后查看我的日志文件ncbi_error_log.log时，我得到(作为一个例子)：

2011-12-17 12:30:54.771292:

所以没有错误。但是，当我在apache服务器上运行时，我得到：

2011-12-17 12:28:59.755323: /bin/sh: blastn: command not found

我试图广泛地寻找解决这个问题的方法，但是找不到任何能解决问题的方法--尽管我希望我错过了一些显而易见的东西，所以我可以迅速解决这个问题。

更多信息：

• OS X雪豹
• python版本为2.7.2
• django 1.3
• 路径包含blastn

F 214目录

如果您想看到任何其他代码，请告诉我。

已解决：

通过改变

process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

至

process = subprocess.Popen('/Users/basehunt/BLAST/ncbi-blast-2.2.25+/bin/'+str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

为了绝对指向函数。非常感谢。

Answer 1

在Apache/mod_wsgi下运行时，您必须使用完整的路径名来运行程序，或者使用正在访问的任何文件。这是因为您的用户路径没有被Apache继承或使用。流程的当前工作目录也可以是任何内容，因此也不能依赖于相对路径。

因此，而不是仅仅使用'blastn'，使用‘/some/blastn’，用程序所在的完整路径替换‘/ So / path /’。