要使用什么代码来查看Unix运行blastn所用的时间

Question

我刚刚运行了以下程序：

for file in *.fa
do
  echo working on $file !
  blastn -db ../lotus-date -query $file > $file.blastn
  echo finished $file
done

有没有一种方法可以推断这段代码在完成后需要多长时间才能运行？

Answer 1

如果您知道启动脚本的大致时间，可以将其与上一次循环迭代编写的输出文件的最后修改时间进行比较。

查看此命令的最后一行，查看最近修改的blastn输出文件的日期/时间。

ls -ltr *.fa.blastn

Answer 2

您可以使用date +%s在脚本开始时以秒为单位获得当前的UNIX时间，然后将该时间与脚本末尾的时间之间的差异打印给stdout：

start="$( date +%s )"

for file in *.fa
do
  echo working on $file !
  blastn -db ../lotus-date -query $file > $file.blastn
  echo finished $file
done

printf '%s\n' "Code took $(( $( date +%s ) - $start )) seconds to run."