使用列表中的登录号运行BLAST+ BLASTn

Question

我想使用NCBI BLAST+针对一个参考基因组对几个序列进行BLASTn，并且只输出带有登录号、E值和其他信息的行，从BLAST+输出(因为从BLAST+输出有几条无关的行)输出到csv。我有这些文件：

带有人类基因序列登录号的文本文件，每行一个：GSEA-toBLASTaccession.txt

参考基因组：botznik-chr.fa

输出csv：GSEABLAST.csv

下面是我编写的执行以下代码的代码：

for acc in `cat GSEA-toBLASTaccession.txt`; do
    echo $acc | blastn -db botznik-chr.fa -out GSEABLAST.out -num_alignments 1 \
    -outfmt "6 qacc evalue qstart qend sstart send bitscore score length pident \
    nident ppos positive mismatch gapopen" >> GSEABLAST.csv
done

我没有得到我需要的结果；我需要调整什么才能得到一个CSV，包括登录号、E-值、查询开始/结束、序列开始/结束、位得分、分数、长度、标识%/数字、正%/数、错配，以及对我的加入号列表中的每个基因的空白/打开？

Answer 1

您没有描述所获得的输出，因此需要一些猜测才能找到问题所在。我怀疑您期望所有序列的输出都在GSEABLAST.csv中，但是相反，您只是从GSEABLAST.out中的最后一个序列获得输出

如果这是问题所在，那是因为-out GSEABLAST.out导致将输出发送到指定的文件，而不是发送到STDOUT。这个文件会被for循环的每一次迭代覆盖。如果删除命令的这一部分，输出将转到STDOUT，然后附加到GSEABLAST.csv