你能使用blastn来检查精确匹配吗？

Question

我需要知道查询在哪些主题上匹配以及在哪里匹配，并且这个匹配率必须是100%。有没有办法使用blastall做到这一点？

谢谢。

Answer 1

您不能将映射精度限制为100%，但您可以使用-evalue参数提高E值的严格性，即使用非常非常小的E值。除此之外，要返回主题id或注册号以及映射坐标，您可以使用自定义输出格式，如下所示：

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"

这将以表格格式返回包含8列的输出，其中：qacc是查询访问，sacc是主题访问，sseqid是主题seq-id，evalue是路线的E值，qstart和qend是路线的查询开始和结束映射坐标，sstart和send是路线的主题开始和结束映射坐标。在示例blastn调用中，将所有这些放在一起：

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"

blastn -help将为您提供更多关于自定义输出格式的选项。