调用blast的子进程不会返回所有输出

Question

我使用子进程Popen来调用blastn查询。

    cmd_list = ['blastn','-db', sequences_db, '-query','temp_query.fasta','-outfmt','6']
    print(cmd_list)
    blast_process = Popen(cmd_list, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
    return_code = blast_process.wait()
    if return_code != 0:
        raise IOError("Blast Error!")
    err = blast_process.stderr.read()
    out = blast_process.stdout.read()
    print(out)
    print(err)
    return out

在shell中运行相同的blastn命令会返回一个输出。

如果我使用-outfmt 6，它什么也不返回，如果我删除该参数，我只得到输出的第一部分：

A.fsa -query temp_query.fasta
BLASTN 2.2.28+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: data/sequences/iwgsc_refseqv1.0_chr1A.fsa
           1 sequences; 594,102,056 total letters

...

但结果却不尽人意。同样，如果我在shell上运行这个命令，我会得到完整的输出。

所以，如果我的代码不等到blast完成执行，就会出现这样的情况。

从shell运行，与python脚本相同的目录：

 blastn -db data/sequences/db/iwgsc_refseqv1.0_chr1A.fsa -query temp_query.fasta -outfmt 6
KR082534_1      chr1A   99.93   1400    1       0       1       1400    591615416       591614017        0.0     2580

此外，当从python运行时，使用blast的输出文件不会在其中写入任何内容，并且shell会输出正确的输出。

Answer 1

你想试试这个吗？

cmd_list = ['blastn','-db', sequences_db, '-query','temp_query.fasta','-outfmt','6']
blast_process = Popen(cmd_list, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
if return_code != 0:
    raise IOError("Blast Error!")
else:
    out = blast_process.stdout.read()
    for line in iter(out, b''):
        print line.strip()