使用python在BLAST搜索中的使用消息

Question

我试图通过细菌和古埃及的分类来过滤一个爆炸的网络搜索，这是我的代码：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blastn_command = NcbiblastnCommandline(query="test.fasta", db="nt", outfmt="'7 qseqid sseqid qcovs qlen slen qstart qend'", out="blastn2.tab",remote=True,entrez_query="txid2157[ORGN] OR txid2[ORGN]")
stdout, stderr = blastn_command()

我得到了一条错误信息：

Traceback (most recent call last):
   File "test.py", line 3, in <module>
     stdout, stderr = blastn_command()
   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Bio/Application/__init__.py", line 517, in __call__
     stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 1 from "blastn -out blastn2.tab -outfmt '7 qseqid sseqid qcovs qlen slen qstart qend' -query teste.fasta -db nt -entrez_query txid2157[ORGN] OR txid2[ORGN] -remote", message 'USAGE'

Answer 1

TLDR

双引号为entrez_query参数(与outfmt相同)。

错误很可能是由这样一个事实引起的，即entrez_query参数包含空格而不是双引号。从错误消息blast字符串中可以看出，--entrez_query被不引用地传递给命令行(将其与outfmt进行比较，后者是双引号)。

USAGE消息是blastn生成的实际错误消息的第一行，它还包含以下行：

Error: Too many positional arguments (1), the offending value: OR
Error:  (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: OR