Biopython blastn命令不是在脚本中工作，而是从命令行工作的。

Question

因此，我正在编写一个脚本来运行一个blast查询，在这一点上，我对变量进行了硬编码(只是为了确保它们不会被搞砸)。即：

blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05)
stdt, stdr = blastCLine()
print stdt
print stdr

我什么也没有得到，输出文件是空白的，没有错误或任何东西。如果我在命令行上使用来自blastCLine的blast命令，它就能工作。如果我在python环境中使用上面的代码，它就能工作。只是不按我的剧本写。

我一直在谷歌上搜索大量的例子。据我所知，这应该是可行的。我尝试过将其更改为blastx，并且使用cmd="blastn“也没有效果。有什么建议吗？

Answer 1

在这一行中，您将生成带参数的BLAST命令。如果您打印blastCLine，您将看到BLAST命令：

>>> blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05)
>>> print blastCLine
blastn -out test.txt -outfmt 5 -query /home/mamun/temp.fasta -db refseq_rna -evalue 0.05

现在，使用stdt, stdr = blastCLine()，您将从python执行该命令。这里发生的事情是，您得到了一个新的输出，它覆盖了test.txt文件中现有的内容。您可以通过删除现有的test.txt文件并从python再次运行上述两个命令来检查这一点。由于命令成功运行，并且不生成任何输出或错误，因此在命令成功运行后，stdout和stderr都会获得空字符串。霍普，这个解释有助于理解这里发生了什么。如果它甚至不能工作，请尝试使用os.system执行它：

>>> import os
>>> os.system(str(blastCLine))