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我想知道是否可以使用perl数组作为名为bedtools ( )的程序的输入。my @constit_super = `bedtools intersect -wa -a $enhancers -b $super_enhancer`;
它运行良好，可以通过以下方式查看= `bedtools
浏览 3修改于2020-09-03得票数 1
目的是这个可执行文件将包含运行程序所需的所有文件，包括将BEDtools作为二进制文件传送。set_bedtools_path不是解决这个问题的合适工具吗？示例代码：import pybedtools
os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), 'bedtools.static.binary'))
a = pybedtool
浏览 6提问于2022-01-13得票数 0
在使用了bedtools shuffle很多次并将-excl设置为on之后，我注意到排除文件具有数字命名约定，而我的输入文件具有"chr“命名约定。有没有人知道这会不会造成任何问题？
浏览 45提问于2021-09-15得票数 1
以下是我尝试过的命令：$ cd bedtools2在运行最后一个命令时，我得到以下错误：
*fatal error: zlib.h: No
浏览 53修改于2018-01-04得票数 1
$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz$ make snp_bed_file, '-arguments = [bedtools
浏览 3修改于2018-07-03得票数 7
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所需的所有R包都可以安装，但bedtoolsr除外，后者需要bedtools (而不是R包)。我在我的WSL上安装了bedtools，该文件夹是我路径的一部分。我尝试使用options(bedtools.path = "/home/usr/anaconda3/bin/bedtools")手动设置床头工具的路径，但这也没有帮助。
浏览 3提问于2022-08-11得票数 0
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我在终端上输入了以下命令cd bedtools2似乎所有东西都擅长这些步骤，然后为了在我的路径上添加它，我输入了以下内容：
echo 'exportPATH="$PATH:
浏览 3提问于2022-03-05得票数 1
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我想用程序bedtools getfasta生成一些FASTA文件。通常，我首先使用下面的awk到bedtools sort命令对输入文件进行排序。然后输出通过管道传输到输出文件中。这个输出文件将遵循-bed标志在bedtools getfasta中，这样我就可以创建我需要的FASTA文件。
awk '{if ($2>$3)print $1,$3,$2,".","."bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed OrderedF
浏览 5修改于2020-12-17得票数 0
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/media/amit/LaCie/mdc_work/chigozie/pool1/bam echo "print current:$x";/home/amit/miniconda3/bin/bedtools
有没有人能告诉我哪里出错了？致以问候。
浏览 117修改于2020-11-17得票数 1
我有一个类似file.txt的文件：Specie2我有一个在这3个物种上运行的程序，叫做bedtools getfastacat file_species.txt| bedtools getfasta -fi /path/${line}/${line}.fa -bed /path/${line}/Recover_fasta.bed-s -fo /path/${line}&#x
浏览 0修改于2019-02-04得票数 0
在下面的文件中，我尝试将一个文件夹BAM及其两个子文件夹和另一个文件夹Bedtools从主目录移动到目标，但得到下面的错误。谢谢:)。level is date Coverage --child directory Bedtools-- parent directory
mv -u /home/cmccabe/Desktop/NGS/API&
浏览 5提问于2016-08-22得票数 0
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我一直在尝试在Windows10的Anaconda2环境中安装bedtools，但在这3个通道上都遇到了这个错误。有人知道发生了什么吗?为什么我不能安装它？(py36) C:\Users\User>conda install -c bioconda bedtools (py36) C:\Users\User>conda install -c biobuilds bedtools
Sol
浏览 1修改于2019-07-11得票数 1
.*}" mv "$f" "$base/"
mv "picard/fastqc/bedtools/30x/$f"* "$base/picard/fastqc/bedtools/30x"
浏览 2修改于2016-03-07得票数 2
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这里只是冲突的例子：
Examining conflict for bedtools deeptools seacr python bowtie2 samtools ucsc-bedgraphtobigwigucsc-bedsort homerExamining conflict for bedtools deeptools samtools seacr: 15%|█▌ | 2/13 [00:06<00:17, 1.60s/it] Examining conflict for bedtools
浏览 10修改于2021-03-04得票数 0
workdir: "/path/to/workdir/"
input: output: shell:
"/Tools/<em
浏览 63提问于2020-02-19得票数 0
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我在一个文件夹中有44个.tsv文件，我想用bedtools tool的intersect命令计算每个成对的交集的数目。每个输出文件将有4列，我只需要在每个输出文件中保存列4的值的总和。当我一个人做的时候，我可以很容易地做，但是当我使用并行处理来同时做整个过程时，我得到了语法错误$ bedtools intersect -a p1.tsv -b p2.tsv -c
浏览 0修改于2019-07-02得票数 4
如果我使用下面的代码，就会得到随后的错误 wk = loadWorkbook("/Users/sebastianzeki/Desktop/SequencingScripts/bedtools/bedtools2-master/CohortComparisons/PanCancerCommonSCNAs.xlsx")
amp_genesAll_cancer = readWorksheet(wk
浏览 0提问于2015-04-01得票数 0
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1回答
我正在使用python运行一个终端程序，名为bedtools。Bedtools将文件名作为参数。但是，由于我一次只能打开256个文件，所以我的多线程能力有限。
浏览 4提问于2014-02-20得票数 1
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我有一个这样的命令列表...bedtools intersect -a BED1 -b BED2 | echo "BED1 BED2" Error: Unable to open
浏览 0提问于2016-07-09得票数 0
BashANNOVARDIR=/home/cmccabe/Desktop/NGS/APIfilter the vcf for the 98 gene epilepsy panel"
for file in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-14
浏览 3修改于2016-07-25得票数 0
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