在Windows上使用cygwin代替cmd的subprocess.call

Question

我正在Windows 7上编程，在我的一个Python项目中，我需要调用床头工具，它只在Windows上使用Cygwin。我是Cygwin的新手，安装了默认版本+床工具所需的一切，然后使用Cygwin通过使用安装说明中描述的make安装床头工具。

$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz
$ cd BEDTools-<version>
$ make

当我使用Cygwin终端像下面这样手动调用它时，它没有问题，输出文件包含正确的结果。

bedtools_exe_path intersect -a gene_bed_file -b snp_bed_file -wa -wb > output_file

但是当我在我的程序中使用subprocess.call时，它似乎使用了Windows，而不是Cygwin，后者不起作用。

arguments = [bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments)

结果没有输出文件和3221225781的返回代码。

arguments = [bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments, shell=True)

结果是一个空的输出文件和一个3221225781的返回代码。

cygwin_bash_path = 'D:/Cygwin/bin/bash.exe'
arguments = [cygwin_bash_path, bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments)

结果没有输出文件，返回代码为126和

D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: cannot execute binary file

arguments = [cygwin_bash_path, bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments, shell=True)

结果是一个空的输出文件，返回代码为126和

D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: cannot execute binary file

我有什么办法让它起作用吗？

Answer 1

下面的工作没有问题。不需要转义"。

argument = 'sh -c \"' + bedtools_exe_path + ' intersect -a ' + gene_bed_file + 
           ' -b ' + snp_bed_file + ' -wa -wb\"'

with open(output_file, 'w') as file:
    subprocess.call(argument, stdout=file)

还使用了以下工作：

argument = 'bash -c \"' + bedtools_exe_path + ' intersect -a ' + gene_bed_file + 
           ' -b ' + snp_bed_file + ' -wa -wb\"'

with open(output_file, 'w') as file:
    subprocess.call(argument, stdout=file)

通过以下方式：

bedtools_exe_path = 'D:/BEDTools/bin/bedtools.exe'
gene_bed_file = 'output/gene.csv'
snp_bed_file = 'output/snps.csv'
output_file = 'output/intersect_gene_snp.bed'

使用到cygwin bash.exe (D:/Cygwin/bin/bash.exe)的路径而不是使用bash或sh是行不通的。

谢谢你，艾尔克孙，帕德拉克·坎宁安和J.F.塞巴斯蒂安。

Answer 2

假设您想要从Windows运行Linux命令。您可以将Linux安装到VM中，并通过ssh (Windows上的Putty/plink)运行命令：

#!/usr/bin/env python
import subprocess

cmd = [r'C:\path\to\plink.exe', '-ssh', 'user@vm_host', '/path/to/bedtools']
with open('output', 'wb', 0) as file:
    subprocess.check_call(cmd, stdout=file)

Cygwin提供了允许直接运行命令的run命令：

cmd = [r'C:\cygwin\path\to\run.exe', '-p', '/path/to/', 'bedtools', 
        '-wait', 'arg1', 'arg2']

注意:在这两种情况下，Python脚本都是从Windows运行的。bedtools是Linux或Cygwin (非Windows)命令，因此您应该提供POSIX路径。