Linux子系统的RStudio服务器在路径上找不到包

Question

我试图使用Windows通过运行一个包(CLinViewer)。所需的所有R包都可以安装，但bedtoolsr除外，后者需要bedtools (而不是R包)。我在我的WSL上安装了bedtools，该文件夹是我路径的一部分。

然而，由于某些原因，RStudio没有“看到”它。我尝试使用options(bedtools.path = "/home/usr/anaconda3/bin/bedtools")手动设置床头工具的路径，但这也没有帮助。

有人知道如何让RStudio服务器看到它吗？

谢谢

Answer 1

问题是，路径变量位于RStudio上，与终端上显示的路径变量不同(缺少/home/analyst/anaconda3/bin)。

在RStudio上编辑路径变量修复了它。我编辑的变量如下：old_path <- Sys.getenv("PATH")

Sys.setenv(PATH = paste(old_path, "/home/analyst/anaconda3/bin", sep = ":"))