床头工具安装的问题

Question

我是一个新的初学者在bash编程，从来没有成功地安装工具在我的电脑。

我正试图安装床头工具，但没有成功。

我在终端上输入了以下命令

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.29.1.tar.gz
cd bedtools2
make

似乎所有东西都擅长这些步骤，然后为了在我的路径上添加它，我输入了以下内容：

echo 'export PATH="$PATH:/Users/avitrac/my_bin/bedtools2"' >> ~/.bash_profile

但是当我测试一些基本的命令时，比如-h，它说没有找到bedtools命令。

我觉得回声步骤或我的bash_profil有问题。我试着遵循我在网上读到的指示，但我觉得我可能犯了一些错误。

有人能帮我吗？我不明白是怎么回事，怎么解决的！

Answer 1

看起来您意外地下载并编译了my_bin目录下的程序。这可能会造成一些混乱，因此我建议从临时目录运行wget和make命令，比如主目录下的/tmp或tmp目录。因此，编译后的二进制文件现在在/Users/avitrac/my_bin/bedtools2/bin下。我建议将该目录移出您的my_bin目录，也许移至~/tmp目录；然后可以直接跳到下面的步骤5。

(您可以将它留在这里，只需使用cp /Users/avitrac/my_bin/bedtools2/bin/bedtools ~/my_bin，但这会将源代码和编译工件留在bin目录下，没有什么好的理由)。

1. 如果需要的话，mkdir ~/tmp ##
2. cd ~/tmp
3. wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
4. make
5. cp bin/bedtools ~/my_bin/

bedtools-2.29.1.tar.gz文件和bedtools2目录现在都可以删除。“从源到源编译”指令掩盖了这个(相当典型的)用例，并省略了在临时位置构建程序的显式指令。