如何为文件中的每一行运行程序

Question

我有一个类似file.txt的文件：

Specie1
Specie2
Specie3

我有一个在这3个物种上运行的程序，叫做bedtools getfasta

所以我的想法是：

cat file_species.txt |
while read line; do 
    bedtools getfasta -fi /path/${line}/${line}.fa -bed /path/${line}/Recover_fasta.bed -s -fo /path/${line}/Fasta_loci_seq.fa" ;
done

如果我做一个echo，我会得到：

bedtools getfasta -fi /path/Specie1/Specie1.fa -bed /path/Specie1/Recover_fasta.bed -s -fo /path/Specie1/Fasta_loci_seq.fa" ;
done
bedtools getfasta -fi /path/Specie2/Specie2.fa -bed /path/Specie1/Recover_fasta.bed -s -fo /path/Specie1/Fasta_loci_seq.fa" ;
done
bedtools getfasta -fi /path/Specie3/Specie3.fa -bed /path/Specie1/Recover_fasta.bed -s -fo /path/Specie1/Fasta_loci_seq.fa" ;
done

如果我只是跳过这些代码，那么我怎么能在"do"之后的第一个脚本中执行它，而不是执行回显，然后粘贴代码呢？

Answer 1

去掉尾部的双引号和分号，用"$line"替换${line}：

cat file_species.txt |
while read line; do 
    bedtools getfasta -fi /path/"$line"/"$line".fa -bed /path/"$line"/Recover_fasta.bed -s -fo /path/"$line"/Fasta_loci_seq.fa
done