将多个BAM文件转换为BED文件

Question

我的外置硬盘里有BAM文件。想把它们换成床。我正在使用

cd /media/amit/LaCie/mdc_work/chigozie/pool1/bam
for x in *.bam ; do
    echo "print current:$x";
    bedtools bamToBed -i "$x" > "${x%.bam}.bed";
done
echo "done"

它将BED文件写入目录，但这些文件都是空的。我的BEDtools安装在

/home/amit/miniconda3/bin/bedtools

有没有人能告诉我哪里出错了？致以问候。

Answer 1

没有读取的bam文件可能会导致bed文件为空。由于标头的原因，bam文件可能仍具有非零的文件大小。使用samtools查找bam文件中的读取次数

samtools view -c input.bam

或sambamba

sambamba view -c input.bam

这应该将bam文件中的读取次数输出到STDIN中。这两个都可以使用conda进行安装，例如：

conda create -n my_env_name samtools sambamba