使用一个变量而不是一个文件来进行床的输入？

Question

我想在下面命令中的文件中输入一个变量，这可能吗？

我想用程序bedtools getfasta生成一些FASTA文件。通常，我首先使用下面的awk到bedtools sort命令对输入文件进行排序。然后输出通过管道传输到输出文件中。这个输出文件将遵循-bed标志在bedtools getfasta中，这样我就可以创建我需要的FASTA文件。

awk '{if ($2>$3)print $1,$3,$2,".",".","-";else print $1,$2,$3,".",".","+";}' OFS='\t' Infile.bed | 
awk '{a=$2-1;print $1,a,$3,$4,$5,$6;}' OFS='\t' | 
bedtools sort > OrderedFile.bed


bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed OrderedFile.bed -fo Outfile.fasta

但是，我有很多文件想要使用bedtools getfasta。我希望通过将初始OrderedFile.bed命令的输出设置为变量来避免创建附加的awk文件(参见下面)

swapped=$(awk '{if ($2>$3)print $1,$3,$2,".",".","-";else print $1,$2,$3,".",".","+";}' OFS='\t' Infile.bed | awk '{a=$2-1;print $1,a,$3,$4,$5,$6;}' OFS='\t' | bedtools sort) 

这是非常好的工作：

echo "${swapped}"
HEADING_1   4   12  .   .   +
HEADING_2   4   12  .   .   -

当我在bedtools getfasta命令中使用变量时，不会生成任何输出。是否有一种方法可以像文件一样读取变量？我试过以下几种方法，但仍然不起作用：

1. bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed "${swapped}" -fo Outfile.fasta
2. bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed <(echo "${swapped}") -fo Outfile.fasta
3. bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed <(<<< "${swapped}") -fo Outfile.fasta

基本上，我可以用一个变量代替一个文件作为命令的参数吗？

我希望这是有意义的

谢谢,

杰米

Answer 1

如果您在测试套件中查找getfasta命令，当它希望从stdin读取床输入时，您将看到它将单词stdin作为文件名传递给它。例如：

LINES=$(echo $'chr1\t1\t10‘$BT getfasta -fi t.fa -bed stdin -fo -stdin 'END{ print NR }')

所以，我们只需要在你的脚本中做同样的事情：

bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed stdin -fo Outfile.fasta <<<"$swapped"

顺便说一句--在大多数情况下，你的第二次尝试会奏效：

bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed <(echo "${swapped}") -fo Outfile.fasta

将...insofar作为<(...)表达式替换为一个文件名，从该文件名可以读取手头的输出。(这里有一些警告:它通常通过一个/dev/fd链接，所以除了默认的stdin、stdout和stderr之外，任何关闭文件描述符的程序都无法从给定的内容中读取；而且，如果该文件名是FIFO的结束，任何需要在输入中查找、多次读取、在读取之前检查其大小等的程序都不能工作)。