内存中类似引用文件的对象

Question

我正在使用python运行一个终端程序，名为bedtools。Bedtools将文件名作为参数。但是，由于我一次只能打开256个文件，所以我的多线程能力有限。我本来希望能够在内存中向终端发送一个文件，但是它没有名字，比如SpooledTemporaryFile()。有办法绕过这件事吗？

示例：

f=tempfile.NamedTemporaryFile(delete=True)
region=tempfile.SpooledTemporaryFile()
region.write(b'chr1\t1090917\t1136917\n')
region.seek(0)
subprocess.call(['/usr/local/bin/shuffleBed', '-incl',str(region),'-i','temp'+chromosome+'ShuffleMutations.bed','-g','hg19.genome'],stdout=f)

有没有给区域取一个名字以便终端能找到它？

Answer 1

使用NamedTemporaryFile创建输入文件。如果关闭它，文件描述符就不会耗尽。

f=tempfile.NamedTemporaryFile(delete=True)
region=tempfile.NamedTemporaryFile(delete=False)
region.write(b'chr1\t1090917\t1136917\n')
region.close()
subprocess.call(['/usr/local/bin/shuffleBed', '-incl',region.name,'-i','temp'+chromosome+'ShuffleMutations.bed','-g','hg19.genome'],stdout=f)