命令中的SLURM作业数组输出文件

Question

我有一个这样的命令列表

bedtools intersect -a BED1 -b BED2 >BED1_BED2_overlaps.txt
...

有超过100个文件。

这是我的作业提交的标题

#SBATCH -t 0-08:00
#SBATCH --job-name=JACCARD_DNase
#SBATCH -o /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_out
#SBATCH -e /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_err
#SBATCH --array=1-406%50

当我提交作业时，我收到以下错误

Error: Unable to open file >BED1_BED2_overlaps.txt Exiting.

我试图像这样通过管道发送一个echo命令

bedtools intersect -a BED1 -b  BED2 | echo "BED1 BED2" 

我得到了

Error: Unable to open file |. Exiting.

那是怎么回事呢？如何使用>输出和|管道等Bash语法提交数组作业？

Answer 1

看起来您缺少shebang；您的提交脚本应该以

#! /bin/bash

或者你喜欢的任何其他外壳。