问bedtools shuffle -excl似乎没有警告一致的命名约定
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Stack Overflow用户

提问于 2021-09-15 08:51:26

回答 1查看 11关注 0票数 1

在使用了bedtools shuffle很多次并将-excl设置为on之后，我注意到排除文件具有数字命名约定，而我的输入文件具有"chr“命名约定。有没有人知道这会不会造成任何问题？我已经生成了许多混洗文件，没有任何错误或警告，一切似乎都很好，所以我想知道是否有人知道这一点，在我最终需要重做所有事情之前？

shuffle

bedtools

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2021-09-15 09:06:41

好的，我很快用一个小的测试数据验证了-excl只有在我们有命名约定时才能工作，但当我们有不一致的约定时它不会警告用户这一点。这是相当令人担忧的IMO。

(bedtools v2.30.0)

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/69189928

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