使用perl数组作为bash bedtools命令的输入

Question

我想知道是否可以使用perl数组作为名为bedtools ( http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ )的程序的输入。

数组本身是由bedtools通过perl中的backticks方法生成的。当我尝试在另一个bedtools bash命令中使用perl数组时，它抱怨参数列表太长，因为它似乎将数组中的每个单词或数字作为单独的参数。

示例代码：

my @constit_super  = `bedtools intersect -wa -a $enhancers -b $super_enhancer`;

它运行良好，可以通过以下方式查看：

print @constit_super 

在屏幕上看起来像这样：

chr10   73629894    73634938
chr10   73636240    73639574
chr10   73639726    73657218

但是如果我再次尝试在床上工具中使用这个数组，例如

my $bedtools = `bedtools merge -i @constit_super`;

然后我收到这个错误消息：

Can't exec "/bin/sh": Argument list too long

有没有办法在bedtools中使用这个perl数组？

非常感谢

27/9/14感谢您提供的有关通过文件完成此操作的信息。但是，对不起，如果可能的话，我真的很想在不写文件的情况下这样做。

Answer 1

我还没有测试过，但我认为它会起作用。

bedtools需要一个带有-i标志的参数，即.bed文件的名称。这是在docs里。您需要将数组写入一个文件，然后将其输入到bedtools merge命令中。

open(my $fh, '>', "input.bed") or die $!;
print $fh join("", @constit_super);
close $fh;

然后，您可以使用文档中的以下命令对其进行排序：

`sort -k1,1 -k2,2n input.bed > input.sorted.bed`;

最后，您可以运行merge命令。

my $bedtools = `bedtools merge -i input.sorted.bed`;

希望这能让你走上正轨。