如果匹配的文件与特定的目标文件夹名称匹配，则将其移动到文件夹中。

Question

如果文件夹名称的匹配部分匹配，则无法计算如何将文件移动到文件夹中。

例如，如果我有4个文件，下面的bash将使用特定的文件扩展名并为以下文件创建一个文件夹：

Bash

for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
   [ -d "$f" ] && continue
   base=${f%.*}
   mkdir -p "$base"
   mv "$f" "$base/"
done

在运行bash之前：

IonXpress_001.bam
IonXpress_002.bam
IonXpress_003.bam
IonXpress_007.bam

在运行bash之后

创建了4个文件夹，每个.bam都在其中：

 `Folder`            `File`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam

在folder中有一个名为test的目录，其中包含4个文件：

 IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
 IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
 IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics
 IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

我正在尝试将与开始字符串匹配的file移动到主文件夹中。test folder也被移动为一个带有file的子目录。我为这篇宽容的帖子道歉，我只是想提供所有细节。谢谢:)。

期望结果

   `Folder`            `File`           `folder`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam   >>> test >>> IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam   >>> test >>> IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam   >>> test >>> IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics   
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam   >>> test >>> IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

编辑

 for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
 base="${f%.*}"
 mkdir -p "$base"; mkdir -p "$base/"(picard,fastqc,bedtools,30x}
 mv "$f" "$base/"
 mv "picard/fastqc/bedtools/30x/$f"* "$base/picard/fastqc/bedtools/30x"
done

 `Folder`            `File`           `folder`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics   
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

Answer 1

您可以像这样修改现有脚本：

sub='picard/fastqc/bedtools/30x'

for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
   base="${f%.*}"
   mkdir -p {"$base","$base/$sub"}

   mv "$f" "$base/"
   mv "$sub/$f"* "$base/$sub/"
done

如果目标目录已经存在，mkdir -p将悄悄退出。